Придя к царю, Иеремия открыл ему единственный способ, как сохранить царю жизнь себе и своим подданным: «...Если ты выйдешь к князьям царя Вавилонского, то жива будет душа твоя, и этот город не будет сожжён огнём, и ты будешь жив, и дом твой» (Иер. 38:17). Седекия не внял совету пророка, и в 11-й год его правления город был взят (Иер. 39:2). Вавилонские воины схватили Седекию, пытавшегося скрыться в окрестностях Иерихона; его сыновья были заколоты по приказу Навуходоносора, а ему выкололи глаза (Иер. 39:4–7). Пророчества Иеремии исполнились: Седекия стал униженным слепым пленником Навуходоносора, которого в оковах повели в Вавилон (Иер. 39:7). Навузардан, начальник телохранителей Навуходоносора, получил приказ не делать Иеремии «ничего худого» и не препятствовать его желаниям; Иеремия «остался жить среди народа», т.е. среди тех бедных жителей Иудеи, которые после падения Иерусалима не были уведены в плен и продолжали жить на своей земле (Иер. 39:10, 12, 14). По предложению Навузардана Иеремия поселился в доме Годолии, назначенного новым правителем Иудеи. Годолия призывал народ жить в мире с завоевателями, что позволило бы им спокойно существовать на своей земле. Несмотря на многочисленные предупреждения, Годолия не поверил в заговор Исмаила, сына Нафании, который хотел убить его и захватить власть. Из-за беспечности Годолии план Исмаила удался: он убил Годолию и многих из его сторонников и на краткое время «захватил... весь остаток народа» (Иер. 41:10). Однако вскоре из-за возмущения народа он был вынужден бежать «к сыновьям Аммоновым» (Иер. 41:15), а иудеи, боясь мести Навуходоносора за убийство поставленного им правителя, решили перебраться как можно быстрее в Египет (Иер. 41:17) и обратились к Иеремии с просьбой узнать волю Божью о них. Все начальники и «весь народ, от малого до большого» (Иер. 42:1) обещали беспрекословно исполнить всё, что он повелит им (Иер. 42:5–6). По прошествии десяти дней Иеремия, получив от Бога откровение, призвал «остаток Иуды» оставаться в своей земле и обещал безопасность тем, кто последуют этому указанию, и гибель тем, кто пойдут в Египет (Иер. 42:7–17). Несмотря на данные обещания, Иоанан, сын Карея, и другие начальники иудеев послушались не Иеремию, а «дерзких людей», обвинявших его в желании предать народ «в руки Халдеев»; они взяли свои семьи, многих жителей Иудеи, а также Иеремию и Варуха и отправились в Египет (Иер. 43:1–7). Иеремия продолжал пророчествовать, предсказывая скорую победу Навуходоносора над Египтом и уничтожение египетских культов (Иер. 43:10–13). Все иудеи, которые нарушили Божье повеление и по собственной воле пришли «в землю Египетскую», будут истреблены «от малого и до большого» (Иер. 44:12). Слова Иеремии не производили впечатления на народ. Напротив, свои беды люди объясняли тем, что на время «перестали... кадить богине неба и возливать ей возлияния» (Иер. 44:18). Обличив неправоту иудеев, Иеремия обещал явить им знамение: Бог предаст «фараона Вафрия, царя Египетского, в руки врагов его и в руки ищущих души его» (Иер. 44:30). Гнев Божий уготован не только египтянам, но и жителям Эфиопии, Ливии, Лидии (Иер. 46:9), Аммона (Иер. 46:25), Тира и Сидона (Иер. 47:4), Моава (Иер. 48:1), Эдома (Иер. 49:7), филистимлянам (Иер. 47:1, 4) и др. Все эти народы будут истреблены за враждебность Израилю и служение ложным богам, а Свой народ Бог лишь накажет «в мере» (Иер. 46:28). Иеремия даёт яркую картину разрушения городов, бегства их населения в страхе перед праведным гневом Божьим, истребления знати и простых жителей. Кульминацией пророчества о языческих народах является предсказание о падении Вавилонского царства и сокрушении почитаемых в нём идолов: «Вавилон взят, Вил посрамлён, Меродах сокрушён...» (Иер. 50:2).