Обсуждая тему христианской свободы и авторитета церкви, он опирался на учение апостола Павла о призванности христиан к свободе и понимании свободы как дара Христова; вместе с тем выступал против утверждений Алексея Степановича Хомякова, который, как ему представлялось, считал неприменимым понятие авторитета к церкви. По мнению В.В. Зеньковского, оппозиция свободы и авторитета находит разрешение в истине, во Христе. Тема симфонии церкви и государства рассматривалась им под углом зрения старой, изжившей себя на Западе теократической идеи и новой, предполагающей другой смысл и другие способы её осуществления. Полагая, что эта идея может быть осуществлена в России, где как он считал, теократия никогда не имела характера цезарепапизма, В.В. Зеньковский писал: «Проникновение христианского начала во всё природное бытие, сама задача преображения в духе Христовом личной и общественной жизни, – и есть возрождённый в новой форме теократический принцип...» В учении о единстве церкви он отмечал, что оно определяется пониманием церкви как тела Христова и что «главой Церкви является Господь Иисус Христос, и что она одушевляется Святым Духом»; он исходил из различения, а не разделения на видимую (историческую) и невидимую (мистическую) церковь, отрицал распространённую в протестантском богословии теорию «ветвей». Придерживаясь твёрдого убеждения, что в отличие от других, отклонившихся от православия, исповеданий только православная церковь живёт в полноте истины Христовой, В.В. Зеньковский вместе с тем полагал, что разделения, несмотря на их пагубные последствия для западных исповеданий, «не разрушают единства Церкви... – все, кто был крещён во имя Святой Троицы, остаются членами Христовой Церкви». Его историко-философские исследования, за исключением нескольких статей по толкованию платонизма и рецензий в журналах, в своём большинстве были связаны с русской философией и литературой. В.В. Зеньковский – автор ряда книг по истории русской и советской философии, развёрнутых рецензий на книги Николая Александровича Бердяева, Бориса Петровича Вышеславцева, статей о Петре Яковлевиче Чаадаеве, Владимире Сергеевиче Соловьёве, Александре Сергеевиче Пушкине, Иване Сергеевиче Тургеневе, Фёдоре Михайловиче Достоевском, Льве Николаевиче Толстом и др., литературно-философского исследования о Николае Васильевиче Гоголе. Первая большая историко-философская работа В.В. Зеньковского «Русские мыслители и Европа» (1929 г.) представляла собой попытку исследования русской философии XVIII–XX вв. в её отношении к западной культуре. Он собрал и систематизировал воззрения на Запад представителей раннего и позднего славянофильства, Владимира Сергеевича Соловьёва, Николая Васильевича Гоголя, Фёдора Михайловича Достоевского, Льва Николаевича Толстого, Василия Васильевича Розанова, Владимира Францевича Эрна, Николая Александровича Бердяева, Николая Сергеевича Трубецкого. В кратких, но богатых по своему содержанию главах автор пытался разработать основную линию развития русской философии. Не ставя перед собой задачи подробного изложения учений русских философов и западных влияний на их формирование, В.В. Зеньковский главное внимание уделял проблематике взаимоотношений Запада и России с их религиозными и культурными различиями.