Его основной труд «История русской философии» по своему охвату (от Григория Саввича Сковороды до Алексея Фёдоровича Лосева включительно), остроте анализа, яркости характеристик, лаконичности и концептуальности остаётся до сих пор лучшим в своей области, несмотря на множество работ по русской философии, написанных его выдающимися современниками (Г.Г. Шпетом, Б.В. Яковенко, протоиереем Георгием Флоровским, Н.А. Бердяевым, Н.О. Лосским и др.). Создание истории русской философии было «давней мечтой» и делом жизни В.В. Зеньковского, материалы для неё он начал собирать в 1910 г. Его историко-философскому исследованию присущи редкостное умение в изображении исторической эпохи во всей многосложности и противоречивости её духовных исканий и жизненных проблем; глубокое понимание внутренней связи и зависимости между религиозными верованиями, философией и культурой; стремление точнейшим образом разграничить основные течения и направления в русской философии, выявить многообразные оттенки мысли философа и описать его первичную философскую интуицию. В.В. Зеньковскому удалось воплотить два декларированные им требования – представить русскую философию в максимально объективном изложении, несмотря на неустранимый в такого рода исследованиях субъективизм, и показать присущую ей диалектическую связность и историческую последовательность. Он сформулировал основные методологические принципы, необходимые, по его мнению, для исследования русской философии: 1) русская философия, как и любая другая, обязана своим возникновением религиозному мировоззрению, связана «со своей религиозной стихией, со своей религиозной почвой»; поскольку такой почвой для России является православие, то русская философия со всеми многообразными течениями, в том числе позитивистскими и атеистическими, должна рассматриваться в её отношении к православию; 2) философия с необходимостью требует свободы исследования, и русская философия обнаруживает такую свободу, несмотря на притеснения со стороны государства; 3) философия в России возникла не на основе античного наследия, а в условиях, когда в Европе уже существовала примыкающая своими истоками к Античности богатая философская жизнь с разнообразными и нередко противоположными традициями, влияние которых на становление русской философии могло быть как положительное, так и отрицательное. Рассматривая вопрос о зарождении философии в России в тесной связи с православием, В.В. Зеньковский одновременно отмечал и чрезвычайно важное культурно-историческое обстоятельство – философия в России делала первые шаги в XVIII в., который был веком «секуляризации», возникновения «самостоятельной светской культуры»; эти «корни» русской философии, её связи с православием и светской культурой обусловили её исторический путь. В.В. Зеньковский понимал философию «как искание единства духовной жизни на путях её рационализации»; считал, что русская философия онтологична по своей природе, её больше интересуют проблемы бытия, нежели теория познания, разработка которой велась рядом философов (Н.О. Лосский, С.Я. Франк).