Рассматривая учения о вселенной и происхождении человека, В.В. Зеньковский делал вывод, что европейская наука по причине своих философских предпосылок придерживается концепции «непрерывной эволюции», отрицающей участие Бога в творении мира, между тем как непрекращающиеся учёные споры о происхождении жизни заставляют признать «необъяснимым «естественное» возникновение жизни на Земле». Используя аргументы ряда учёных, он критиковал дарвиновскую концепцию развития высших форм жизни из простейших, современную философскую концепцию эволюции Пьера Тейяра да Шардена. При правильности общетеоретических положений, опирающихся на учение церкви о творении мира и человека Богом, грехопадении человека и воскресении Христовом как пути к спасению, в «Апологетике» обнаруживается недостаточное знакомство с состоянием современного В.В. Зеньковскому естествознания. Разбираемые им учения исследователи не могут назвать новейшими (они глубже и основательнее рассматривались Сергеем Сергеевичем Глаголевым ещё в начале XX в.). Основное упущение В.В. Зеньковского исследователи видят в том, что он оставил без специального рассмотрения вопрос о природе и границах науки как предполагающей особый тип рационального познания. Критика В.В. Зеньковского была более убедительной в вопросах, затрагивающих тему души и психической жизни человека. Он подчёркивал невыводимость психики человека из психики животного и принципиальные различия между ними, обусловленные «безграничным развитием» души человека, необходимость понимания души как содержащей в возможности «начатки и проявления духовной жизни», наличие «особой функции» души, позволяющей переходить от конкретного предмета к предмету вообще, называемой им «идеацией». Исходя из воззрений, разработанных уже в ранних работах, В.В. Зеньковский считал важнейшим принцип «единства человеческой психики», под которым имел в виду коренное единство интеллектуальной и эмоциональной жизни, присущее всему человечеству, единство в эстетической, моральной и религиозной жизни. Обсуждая тему зла и рассматривая эту проблематику как специфически человеческую, он подвергал анализу различные концепции происхождения зла (из неведения, из тяжких социальных условий жизни и др.) и считал их недостаточными для понимания первопричины зла. Излагая основные принципы христианского понимания зла, связанные с учением о падении ангелов и первородным грехом прародителей человечества, В.В. Зеньковский объяснял допущение Богом зла в мире неумением человека распорядиться дарованной ему свободой, а также особыми историческими путями человечества. Вся вторая часть «Апологетики» под названием «Христианство в истории» (за исключением главы «Историческая реальность Христа») была ограничена рассмотрением одной темы – соотношением христианства и язычества, представленного в его разнообразных исторических типах. Отмечая универсальный характер христианства и его открытость древнему языческому миру ради спасения всех людей, В.В. Зеньковский вместе с тем (в связи с широко распространёнными попытками растворить христианство в исторической среде, в которой оно возникло, или вывести его из религиозно-философских учений и мистерий древности) уделял особое внимание вопросу о влиянии язычества на христианство.