В составе архива были как подлинники, так и копии актов на земельные владения Московского Богоявленского монастыря, которые иногда использовались в суде во время земельных споров. Исследователи не исключают, что в составе архива находились также и ранние сборники с частью списков грамот монастырского архива, списанных с подлинников. От XIV в. не осталось ни одного документального подлинника, и все известные монастырские акты XIV–XVI вв. сохранились только в списках. Тем не менее, исследователям известно, что ещё при царе Борисе Фёдоровиче Годунове, вскоре после 1 февраля 1604 г., в Московском Богоявленском монастыре была составлена копийная книга актов, в которой использовались не только списки подлинных документов, но и отдельные сохранившиеся подлинники. Исследователи полагают, что эта книга после написания хранилась в Поместном приказе, поскольку следующая копийная книга (1680–1682 гг.) представляла собой уже «список з домовые книги Богоявленского монастыря», была изготовлена в Поместном приказе при дьяке Григории Близнякове и справлена по подлинной книге подьячим Василием Фёдоровым. После скрепления этой книги подписями поместного дьяка Григория Близнякова и архимандрита Амвросия копийная книга актов 1680–1682 гг. поступила в казну монастыря. Исследователи полагают, что составление этой копийной книги было вызвано необходимостью правовой защиты земельных владений монастыря в связи с посягательствами на них дворцового дьяка Семёна Кудрявцева. 15 ноября 1700 г. эта копийная книга была представлена в Поместный приказ казначеем Московского Богоявленского монастыря Иосифом для регистрации в соответствии с указом царя Петра I об обязательной записи крепостных книг в данном приказе. После регистрации книга была возвращена в Московский Богоявленский монастырь. Дальнейшая судьба книги исследователям неясна, т.к. в XIX в. она оказалась на хранении в библиотеке Государственного совета, образованного манифестом 1 января 1810 г. императора Александра I. По крайней мере, в 1843 г. с этой копийной книги в Московском Богоявленском монастыре была снята копия, которая имела некоторые редакционные отличия по сравнению со своим протографом. Исследователи полагают, что изготовление этой копии в 1843 г. было связано с передачей протографа в Государственный совет. В пользу данного предположения говорит тот факт, что к моменту составления епископом Никодимом (Белокуровым) описания Московского Богоявленского монастыря в казне монастыря копийной книги 1680–1682 гг. уже не было, и он пользовался копией 1843 г. После 1917 г. кодекс был передан в петроградский Исторический архив, а затем в архив Синода (Российский государственный исторический архив). В 1930 гг. с этой книги 1680–1682 гг. были изготовлены машинописные копии для Сигизмунда Натановича Валка и Степана Борисовича Веселовского. Но исследователи не сомневаются, что значительная часть архива была утрачена уже при закрытии Московского Богоявленского монастыря в 1919 г. К 2017 г. сохранившаяся часть находилась в Центральном государственном историческом архиве Москвы и насчитывала, по данным путеводителя, 330 ед. хр. за 1702–1919 гг.