В 1451 г., во время набега царевича Мазовши, Московский Богоявленский монастырь сгорел. Исследователи полагают, что в 1467 г. великий князь Иван III Васильевич велел отпускать в Московский Богоявленский монастырь из своего дворца «годовой корм» на помин родителей и на молитву за его здравие – исследователи полагают, что это указывает на появление каменно-кирпичной трапезной в период правления его или его сына великого князя Василия III Ивановича. В 1547 г. Московский Богоявленский монастырь вновь пострадал от пожара, в мае 1571 г., во время нашествия крымского хана Девлет-Гирея, сгорели его деревянные постройки. По приказу царя Ивана IV Васильевича Грозного они были восстановлены. В марте 1611 г. и осенью 1612 г. Московский Богоявленский монастырь оказался в зоне боёв за Китай-город между русскими, поляками и литовцами. Интервенты разграбили и сожгли обитель. Возрождение Московского Богоявленского монастыря начал царь Михаил Фёдорович Романов. В 1624 г. был построен новый каменный Богоявленский собор. Престол его нижней церкви был посвящён Казанской иконе Божьей Матери, которая находилась во Втором ополчении князя Дмитрия Михайловича Пожарского и Кузьмы Минина. Исследователи полагают, что в восстановленный храм был помещён один из списков Казанского образа. В связи с рождением 22 октября 1649 г., в день Казанской иконы Божьей Матери, царевича Димитрия царь Алексей Михайлович повелел отмечать 22 октября как праздник Казанской иконы «во всех городах по вся годы». В 1645 (1647?) г. по его указу игумен Пафнутий доставил из Хлынова в Московский Богоявленский монастырь чудотворную икону с Нерукотворным образом Спасителя. В 1673 г. вдова боярина князя Бориса Александровича Репнина-Оболенского княгиня Ксения подарила Московскому Богоявленскому монастырю двор своего дяди князя Юрия Петровича Буйносова-Ростовского на Никольской ул., который примыкал к обители. Благодаря этому в монастыре смогли возвести святые ворота с выходом на Никольскую ул. и надвратную церковь в честь Рождества Иоанна Предтечи. С северной стороны в стене обители были устроены двое ворот: одни с выходом на «строгую» монастырскую половину, а другие – «общие». Обе половины Московского Богоявленского монастыря с севера на юг были разделены забором. В 1690 гг., при архимандрите Никифоре, собор Московского Богоявленского монастыря был вновь перестроен в стиле так называемого нарышкинского барокко. 20 января 1693 г. двухъярусный собор был освящён Патриархом Московским и всея Руси Адрианом, что было отмечено на памятном предалтарном иконостасе. Храм был возведёен на старом подклете 1624 г.: стройный восьмерик на мощном четверике, завершённый гранёной маковкой. Его высота от основания до верха креста составила 64 м; высота внутри собора от пола до самой верхней точки купола – 45 м. Внешние стены апсиды и трапезной собора, украшенные декоративной лепной отделкой в контрастном сочетании с красным цветом стен, создавали впечатление богатого убранства. Окна, оконные карнизы, наличники и завершающий верхний фигурный шпиль придавали особую нарядность всему архитектурному сооружению, ставшему доминантой Китай-города.