После постройки нового каменного собора Московского Богоявленского монастыря в нём в разное время были освящены престолы: Казанской иконы Божьей Матери (1693 г.), Богоявления (1696 г.), святителя Алексия, митрополита Московского (1697 г.), великомученика Георгия Победоносца (1747 г.), апостола Иакова Алфеева (1754 г.), Тихвинской иконы Божьей Матери (1869 г.), великомученика Пантелеимона (1873 г.), преподобного Феодосия Черниговского (1904 г.) и святого Иоанна Предтечи (1910 г.). В 1693–1697 гг. с западной стороны Московского Богоявленского монастыря по линии Ветошного ряда были построены каменные кельи, а внутри двора – настоятельский корпус, который находился под прямым углом к кельям. Во время пожара 1737 г. сгорели глава колокольни, кровля братских келий и конюшенный двор. В 1739 г. над воротами со стороны Ветошного пер. построена колокольня высотой 44 м с церковью во имя святых князей Бориса и Глеба; на её звоннице находилось девять колоколов. В 1742 г. надвратная церковь была освящена, а в 1830 г. обновлена на средства Евдокии Власовой, вдовы гвардии капитана, и освящена в честь Нерукотворного образа Спасителя. После обновления осталось четыре колокола. В конце XVIII в. с западной стороны к собору была пристроена галерея, соединившая его с настоятельским корпусом и кельями. Московский Богоявленский монастырь пользовался немалым авторитетом у великих князей и царей, а также у Киевских и Московских митрополитов и патриархов. За первое столетие его существования четыре игумена были хиротонисаны во епископов: двое стали архиереями в Крутицах, по одному – в Твери и Перми. Настоятели Московского Богоявленского монастыря участвовали во многих исторических событиях. В 1568 г. из Успенского собора Кремля в Московский Богоявленский монастырь по приказу царя Ивана IV Васильевича на санях-дровнях в изодранном монашеском одеянии был доставлен опричниками Московский митрополит Филипп II (Колычев) и заточён в тюрьму. На следующий день он был обвинён в тяжких преступлениях, закован в железные цепи. По приказу царя митрополит Филипп II (Колычев) из Московского Богоявленского монастыря был переведён в монастырь Николы Старого на Никольской ул. Москвы. Исследователи полагают, что уже с начала существования Московский Богоявленский монастырь отличался высоким уровнем образованности насельников. Посещавшие Русь при митрополите Феогносте греческие монахи иногда останавливались в обители. Исследователям достоверно известно, что при великом князе Дмитрии Ивановиче Донском на Русь приезжал из Царьграда афонский постриженик монах Дионисий Святогорец. Он был принят в Кремле и получил от великого князя персональную келью для проживания в Московском Богоявленском монастыре. Благодаря постоянным контактам с греческими монахами в Московском Богоявленском монастыре довольно рано был освоен греческий язык. Богоявленские монахи занимались чтением и переводом греческих книг (например, митрополит Алексий). В период книгопечатания и книжной справы при Патриархе Московском и всея Руси Филарете (Романове) её активным участником стал игумен Илия. Он хорошо знал греческий язык и вместе с другими работал в «Правильной палате» Московского Печатного двора на Никольской ул.