Некрополь Московского Богоявленского монастыря восходит к концу XIII в. или к началу XIV в. Исследователи полагают, что одним из первых здесь был похоронен Фёдор Бяконт, отец митрополита Алексия, однако с течением времени точное место его погребения было забыто. В 1805 г. потомок боярина статский советник Никанор Плещеев с разрешения митрополита Московского и Коломенского Платона (Левшина) установил в нижней Казанской церкви Богоявленского собора у южной стены символическую надгробную плиту (после закрытия собора Московского Богоявленского монастыря в 1929 г. эта плита была перенесена в музей при бывшем Донском монастыре в Михайловской церкви). После возведения нового, двухъярусного Богоявленского собора погребать стали в нижней церкви в честь Казанской иконы Божьей Матери. Среди храмовых захоронений были могилы сподвижников императора Петра I генерал-аншефа князя Григория Дмитриевича Юсупова (ум. в 1730 г.), генерал-адмирала князя Михаила Михайловича Голицына (ум. в 1764 г.), князя Александра Александровича Меншикова (ум. в 1764 г.), сына князя Александра Даниловича Меншикова (1673–1729 гг.), представителей княжеских родов Голицыных, Долгоруковых, Репниных, Щербатовых, Юсуповых и др., представителей старомосковских боярских родов Плещеевых, Салтыковых, Шереметевых и многих других представителей дворянских родов. В 1919 г. Московский Богоявленский монастырь был закрыт. Монахов изгнали, главный собор и надвратная Спасская церковь на Никольской ул. были обращены в приходские храмы. В числе прихожан осталось много верующих из числа бывшей монастырской братии. 23 февраля 1922 г. Президиум ВЦИК опубликовал декрет, который обязывал местные Советы «изъять из церковных имуществ, переданных в пользование групп верующих всех религий, по описям и договорам все драгоценные предметы из золота, серебра и камней, изъятие коих не может существенно затронуть интересы самого культа, и передать в органы Народного Комиссариата Финансов для помощи голодающим». В 1922 г. под предлогом борьбы с массовым голодом в Поволжье и других районах России из закрытого Московского Богоявленского монастыря было изъято всё серебро в количестве нескольких пудов. Кампания по изъятию ценностей сопровождалась репрессиями. Настоятель Богоявленского прихода архимандрит Евфимий (Дацюк) был арестован. После этого приход возглавил архимандрит Феодосий (Кудрявцев). В 1929 г. Богоявленский собор был закрыт. Наиболее ценные предметы внутреннего убранства и утвари переданы в Исторический музей и Оружейную палату, другое имущество испорчено или уничтожено. В 1920–1930 гг. были разрушены соборные алтари, надгробия, купол с крестом, разобраны Спасская надвратная церковь на Никольской ул. и Афонская часовня на южном углу Никольской ул. и Богоявленского пер. На её месте позднее устроили сквер. Монастырские стены, ворота и многие прежние постройки также уничтожили. Благолепный и величественный внешний вид собора был существенно обезображен неупорядоченными хозяйственными пристройками. В нижнем храме закрытого Богоявленского собора по предписаниям властей в разное время размещались мучной склад Всесоюзного государственного акционерного общества «Союзхлеб», склад Метростроя и даже цех металлообработки. Отдельные помещения использовались Историческим музеем и Московской книжной палатой.