Архитектор Александр Степанович Каминский, которому было поручено возведение новой часовни, удачно воспроизвёл фасад прежней часовни возле Никольских ворот Китай-города. После кончины Арсения вторым настоятелем часовни стал иеросхимонах Аристоклий Афонский (Амвросиев). Настоятели Московского Богоявленского монастыря разрешали афонским насельникам, пребывавшим в Москве, совершать богослужения в соборном храме, в том числе в дни афонских праздников в честь иконы Божьей Матери «Скоропослушница» и великомученика Пантелеимона. В начале XX в. в Московском Богоявленском монастыре числилось всего 14 монахов и 18 послушников во главе с игуменом – викарным епископом. Обитель владела лишь 65,4 га земли. Однако в соответствии с действующими штатными определениями государственная казна ежегодно продолжала выплачивать на содержание монастыря сумму в размере 1249 руб. 36 коп. В XX в. Богоявленский собор был поновлён и украшен. У входа разместили иконы четырёх великих Московских святителей – Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, которые знаменовали тесную связь истории Московского Богоявленского монастыря с Москвой и её заступниками. На барабане соборного купола были написаны образы восьми Московских святителей. Вместе с тем при установке в храме парового отопления были уничтожены погребения с белокаменными надгробиями и фрагменты некоторых других древних сооружений. В 1905 г. в Московском Богоявленском монастыре были снесены угловые постройки и старинная надвратная церковь Рождества Иоанна Предтечи со святыми воротами на Никольской ул. На этом месте в 1910 г. монастырь возвёл четырёхэтажный доходный дом в стиле модерн. Вместо разрушенной надвратной Иоанно-Предтеченской церкви на Никольской ул. в нижнем храме Богоявленского собора был устроен одноимённый придел. В XVIII – начале XX вв. в Московском Богоявленском монастыре была богатая ризница, в которой хранились напрестольные серебряные кресты, священные сосуды, потиры, тарели, лжицы, восемь архимандричьих митр, два напрестольных печатных Евангелия в окладах и т.д. Один из ризничных крестов, гладкий и позолоченный, был пожертвован в Московский Богоявленский монастырь для вечного поминовения боярина Василия Фёдоровича Шереметева (ум. 14 июня 1718 г.), ещё один, такой же, был в 1747 г. дан княгиней Екатериной Алексеевной Долгоруковой в церковь великомученика Георгия в Московском Богоявленском монастыре для поминовения её покойного мужа князя Юрия Юрьевича Долгорукова (ум. в 1746 г.). Другой крест чеканной работы с позолотой и накладным распятием был вложен по князю Якову Алексеевичу Долгорукову в 1754 г. его сестрой княжной Марией Алексеевной Долгоруковой. Ещё один вызолоченный крест, с изображением чернью, был вложен в Московский Богоявленский монастырь Дмитровским епископом Серапионом (Александровским) в 1787 г. Среди напрестольных Евангелий в ризнице хранилось московское издание 1681 г. с серебряным позолоченным окладом на верхней крышке, которое было «построено» на московском дворе братьев князей Петра, Владимира и Василия Михайловичей Долгоруковых на Тверской ул. в Москве и 8 апреля 1694 г. вложено «по обещанию» в Алексиевскую церковь «по себе и по родителях своих, в вечное поминовение». Другое напрестольное Евангелие (1693 г.) «построено» на средства «купеческого человека» Московской гостиной сотни Алексея Васильевича Богомолова и в апреле 1766 г. вложено в обитель. Книга имела серебряный позолоченный оклад, местами чеканный, с изображением на верхней крышке Спасителя в короне из золота с алмазами и изумрудами.