Степан Борисович Веселовский предполагал, что к числу ранних земельных вкладов в Московский Богоявленский монастырь относятся подмосковное село Вельяминово и деревня Марфина, бывшие вотчинные владения рода Вельяминовых, и связывал их поступление в Московский Богоявленский монастырь с родоначальником Протасием-Вельямином, боярином Ивана I Калиты. Однако высказывается и иная точка зрения, связывающая поступление этого земельного комплекса с последним московским тысяцким Василием Васильевичем Вельяминовым, принявшим в сентябре 1374 г. схимнический постриг с именем Варсонофий и похороненным в обители. От представителей боярского рода Вельяминовых в 1543 г. и в первой четверти XVII в. поступили и другие земли, находившиеся в составе Дмитровского уезда. Крупные земельные вклады в Московский Богоявленский монастырь связаны с князьями Ромодановскими-Стародубскими и Буйносовыми-Ростовскими, дворовыми детьми боярскими Львом Шереметом Григорьевым, сыном Хлуденёва, Григорием Ивановичем Кулычевым, Лукьяном Третьяковым, сыном Раковым, дьяком Поместного приказа и опричного казначея Путила Михайловича Митрофанова и его сыном Никитой Путиловым Михайловым, богоявленским старцем Ионой (Протопоповым), его отцом, известным протопопом Благовещенского собора и духовником великого князя Василия III, Василием, родовой некрополь которого находился в обители. Некоторых монастырских земель Московский Богоявленский монастырь лишался в результате продажи или обмена, в том числе с московскими государями, которые иногда брали «на себя» понравившиеся земли Московского Богоявленского монастыря и взамен передавали обители свои земли. По переписи 1678 г. за монастырём числился 141 крестьянский двор, в 1700 г. – 216, а через 44 года ему принадлежали уже 1014 крестьян. В первой четверти XVIII в. царь Пётр I восстановил Монастырский приказ, контролировавший все церковно-монастырские доходы и чинивший суд над монастырскими крестьянами. Согласно указу царя от 27 февраля 1702 г., Монастырский приказ получал право распоряжаться пустующими земельными владениями монастырей вплоть до отчуждения таких земель и раздачи или продажи их «челобитчикам» и другим светским лицам с правом селить на них крестьян и устраивать «вечные заводы». Эти новшества коснулись и Московского Богоявленского монастыря. В частности, запустевшие земли подмосковной Нефимоновской вотчины, данные вкладом в Московский Богоявленский монастырь ещё в 1571 г. Никитой Путиловым на «помин души» своего отца П.М. Митрофанова и его родственников, были отчуждены от Московского Богоявленского монастыря и около 1705 г. пожалованы московскому дворянину стольнику Ивану Артемьевичу Возницыну, сыну думного дьяка Разрядного приказа Артемия Богдановича Возницына. В числе этих пожалованных земель оказались запустевшие монастырское село Нефимоново и деревня Бабкино. В 1764 г. Московский Богоявленский монастырь был определён по штатам во второй класс и стал ежегодно получать содержание из государственной казны. После 1764 г. экономическое положение и строительная деятельность обители могли поддерживаться лишь денежными пожертвованиями вкладчиков.