В 1788 г. Московский Богоявленский монастырь стал местом пребывания викарных епископов Московской епархии и был возведён в первый класс вместо упразднённого московского Симонова монастыря. В 1795 г. Московский Богоявленский монастырь вновь был обращён во второй класс в связи с восстановлением Симонова монастыря. В 1799 г. викарные епископы Московской епархии были переведены из Московского Богоявленского монастыря в Саввин Сторожевский в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырь. С 1863 г. настоятелями Московского Богоявленского монастыря стали викарные епископы Дмитровские. Среди последних викарных епископов – настоятель (1901–1914 гг.) обители Трифон (Туркестанов). В 1812 г. Московский Богоявленский монастырь пострадал во время захвата Москвы армией императора Наполеона I. Самые ценные реликвии архимандрит Гедеон (Фомин) вывез из Москвы в Вологду. Другие предметы были спрятаны в Московском Богоявленском монастыре казначеем Аароном и другими монахами, оставленными в обители для присмотра. 3 сентября 1812 г. в Московский Богоявленский монастырь ворвались солдаты-мародёры, но не обнаружили ценных вещей. Французским мародёрам помешало то, что в настоятельском корпусе разместился один из маршалов императора Наполеона I. Ещё до оставления французами Москвы в Богоявленском соборе с 17 сентября 1812 г. совершались богослужения. Впоследствии в Московском Богоявленском монастыре были восстановлены теги верхнего храма, лопнувшие в результате мощного взрыва в Кремле, который был произведён французами в октябре 1812 г. по приказу отступившего из Москвы императора Наполеона I. Устранены были и другие повреждения, вызванные этим взрывом. После ухода французов викарный епископ Московской митрополии Августин (Виноградский) избрал Московский Богоявленский монастырь местом своего пребывания в 1812–1813 гг. и занялся восстановлением храмов и святынь Московского Кремля. С 1837 по 1841 гг. настоятелем Московского Богоявленского монастыря был историк архимандрит Филарет (Гумилевский). Во второй половине XIX в. Московский Богоявленский монастырь был тесно связан с афонскими греческими монастырями. В 1867 г. из испытывавшего материальные трудности Русского Пантелеимонова монастыря на Афоне с разрешения императора Александра II была привезена в Москву икона Божьей Матери «Скоропослушница», а вместе с ней и другие святыни: частицы мощей великомученика Пантелеимона, крест с частицей Животворящего Древа, часть от камня Гроба Господня в Иерусалиме. Доставивший эти святыни в Москву иеромонах Арсений остановился в Московском Богоявленском монастыре, здесь же, в соборе, они были выставлены для поклонения всех верующих. В 1873 г. в Богоявленском соборе был устроен придел во имя великомученика Пантелеимона, на южном углу Никольской ул. и Богоявленского пер. для привезённых святынь возведена Афонская часовня, настоятелем которой стал иеромонах Арсений. В 1880 г. московский потомственный почётный гражданин Иван Сушкин, брат настоятеля афонского Пантелеимонова монастыря, подарил Московскому Богоявленскому монастырю участок земли на Никольской ул., расположенный ближе к Владимирским воротам монастыря. Дар был обусловлен необходимостью строительства более вместительной Афонской часовни (1881–1883 гг.).