Ось погребений чётко соответствует оси нового собора, отличаясь этим от древнейшего кладбища, причём могилы с такой ориентировкой появляются не раньше конца XV в. За алтарём белокаменного собора, прямо напротив его апсиды, обнаружены ещё два белокаменных саркофага, шесть фрагментов надгробий над могилами и много перемещённых. Это плиты конца XV – начала XVI вв., частью надписные. Два древнейших – с граффити 7009 (1500/1501) г. (это одно из первых надписных надгробий Москвы) и с надписью: «Орина, жена Семена Кленова» (имя и фамилия мужа указывают, как полагают исследователи, на известного еретика из Новгорода; эпиграфическая дата в пределах 1490 –1520 гг.). С XVI в. здесь погребали не только представителей родовой знати и насельников монастыря, но и служилых людей, диаконов, горожан. Близ монастыря в 1930 гг. нашли плиту Фёдора Ивановича Наумова (ум. в 1546 г.). От середины XVI в. сохранились надгробия Спиридона Семёновича Медоварцева (в монастыре Николы Старого работал до 1530 гг. книжник Михаил Яковлевич Медоварцев) и две плиты Воробьёвых 1560 гг. (дьяк Василий Александрович (в иночестве Вассиан), и его жена), от конца столетия – Ульяны (ум. в 1595 г.; жена известного воеводы Леонтия Ивановича Аксакова) и Андрея (Батрака?) Воронцова-Вельяминова (ум. в 1595 г.). Эти надгробия лежали над могилами и в перемещённом состоянии к западу от трапезной, рядом с камнями Зубовых (Илья Иванович и его сын Василий Ильич умерли в 1639 г. в Поволжье; Даниил Иванович – в 1658 г.; Василий Васильевич – в 1670 г.). В том же ряду находились камни Воронцовых-Вельяминовых (Алексей Алексеевич убит под Вильной в 1655 г.; Иван Алексеевич ум. в 1682 г.); Агафья (схимонахиня Анисия), жена Ивана Петровича Головина, – в 1654 г.; Евфимия Дмитриевна, жена Алексея Кирилловича, – в 1654 г.; Мария Ивановна, жена Ивана Федоровича Загряжского, – в 1689 г.) и семьи Гагариных. Надгробия XVII в. отмечены южнее собора (Марфа, жена Василия Яковлевича Колтовского, ум. в 1650 гг.) и севернее (Мария, её супруг Иван Андреевич Безобразов и их дочь Гликерия, ум. в 1642 г.; княжна Мария, дочь Осипа Тимофеевича Плещеева, жена окольничего Григория Константиновича Волконского, ум. в 1637 г.; Прокофий Демьянович Самойлов). Часть плит происходит с новой территории монастыря и с прилегающей ул. Никольской. В XVIII в. внутри собора сложился новый некрополь западноевропейского типа, разрушенный после закрытия обители и устройства в храме заводского цеха; археологически прослежены только его остатки. После завершения раскопок и реставрации собора в его западной части удалось создать небольшую «крипту», в которой сохраняются и демонстрируются фрагменты кладки трапезной конца XV – XVI вв., часть белокаменных саркофагов и крипт. Это – один из первых опытов создания «археологических реликвариев», обнаруженных после раскопок в древнейших храмах России.