В 1627 г. по поручению патриарха Филарета (Романова) игумен Илия и справщик Печатного двора Григорий Анисимов участвовали в рассмотрении рукописи «Катехизиса» литовского протопопа Лаврентия Зизания, предложенного патриарху к печати в Москве. Критически рассмотрев рукопись зизаниевского «Катехизиса», справщики провели полемические беседы с его автором («Прения»). В результате собеседований Лаврентий Зизаний отказался от спорных мест своего текста, найденных образованными справщиками. В 1685 г. в Московском Богоявленском монастыре была временно устроена славяно-греческая школа известных учёных греков-просветителей братьев Иоанникия и Софрония Лихудов. Для вновь образованной на территории Московского Богоявленского монастыря школы возвели деревянное здание. Эта школа действовала два года, а затем была переведена в новое здание рядом с Заиконоспасским в честь Нерукотворного образа Спасителя монастырём и стала называться Спасской. Среди первых выпускников школы были будущий глава Московского Печатного двора и Синодальной типографии Фёдор Поликарпов и духовный писатель монах Чудова московского монастыря Иов. Позднее Богоявленскую школу преобразовали в Славяно-греко-латинскую академию. 31 мая 2007 г. в честь педагогических заслуг греческих монахов-просветителей братьев Лихудов на средства правительства Греческой Республики за алтарём Богоявленского собора им установили бронзовый памятник. Со временем Московский Богоявленский монастырь стал крупным вотчинником, его владения находились в Московском, Бежецком, Волоцком, Дмитровском, Звенигородском, Коломенском, Стародуб-Ряполовском и Нижегородском уездах. В 1511 г. великий князь Василий III Иванович жалованной тарханной и заповедной грамотами подтвердил владельческие и льготные права Московского Богоявленского монастыря на пять сёл с деревнями. Подобные общие жалованные тарханные и заповедные грамоты Московский Богоявленский монастырь получал от царей Ивана IV Грозного, Бориса Фёдоровича Годунова и Михаила Фёдоровича Романова. При этом царь Иван IV Васильевич Грозный не только подтвердил ему пожертвования от разных лиц, но и передал монастырю от себя 24 января 1548 г. несколько деревень в Мещерской волости Коломенского уезда и наделил их судебным иммунитетом. Наиболее ранние жалованные и вкладные грамоты Московского Богоявленского монастыря на вотчинные земли датируются второй четвертью XV в. Одна из них связана с именами Дмитровского князя Петра Дмитриевича и его вдовы княгини Евфросинии Полуектовны Вельяминовой. От них Московский Богоявленский монастырь получил на помин души князя Петра село Дятелинское с деревнями и пустошами в Дмитровском уезде. 29 сентября 1455 г. новый Дмитровский князь Юрий Васильевич жалованной тарханно-несудимой грамотой подтвердил права обители на земли, пожертвованные его дядей Петром Дмитриевичем. Впоследствии эти права подтверждали Волоцкий князь Фёдор Борисович, Дмитровский князь Юрий Иванович, брат Василия III, и князь Владимир Андреевич Старицкий, двоюродный брат Ивана IV Грозного.