Почитание Моисея началось спустя немного времени после его кончины, о чём свидетельствует фиксация связанных с ним четырёх чудес второй половины XIV – XV вв., записи о которых вошли в его Житие. Первый текст повествует о тридцати разбойниках, которые спустя несколько лет после погребения владыки захотели ограбить Сковородский монастырь; однако ночью возле монастыря им явился Моисей, завёл их в одну из трясин, окружавших обитель, и призвал покаяться; после покаяния разбойники были отправлены безопасным путём в Великий Новгород. Второе чудо произошло с новгородским купцом Алексеем, который плыл в ладье в Выборг, упал за борт, и его поддерживал в воде неожиданно явившийся седой муж, пока купца не спасли товарищи. Благолепный старец спас Алексея и от разбойников во время поездки в Выборг (третье чудо). Явившись купцу в «тонком сне», Моисей открыл ему своё имя, повелев отправиться в Сковородскую обитель и устроить покров над его гробницей. Четвёртое чудо содержит важную датирующую информацию. Архиепископ Сергий (избранный на Новгородскую кафедру в Москве и поставленный 4 сентября 1483 г. – «Полное собрание русских летописей», том 18, том 25) во время посещения Сковородской обители приказал вскрыть гробницу Моисея, находившуюся в паперти монастырского собора, а когда священник храма отказался это сделать («не смею, владыко, дерзнути открыти гроб святителя Моисея, то бо есть твое святительское дело»), оскорбительно высказался о Новгородском святителе («кого сия смердия сына смотрети» – «Полное собрание русских летописей», том 18, том 25) и покинул обитель. После этого, по новгородскому сказанию, Сергий душевно заболел и был вынужден покинуть архиепископию. В описи 1615 г. отмечен «монастырь на Сковородке, а в нём храм архангел Михаил, да чудотворец Моисей владыка...» («Институт русской истории», том 6). Мощи Моисея были обретены 19 апреля 1686 г. при Новгородском митрополите Корнилии (в миру Косма). По преданию, это произошло чудесным образом: когда настоятель с братией вошли в церковь для утреннего пения, она была уже освещена, от мощей, обнаруженных открыто лежавшими среди церкви, исходило благоухание. После этого мощи Моисея были помещены по распоряжению и с участием митрополита Корнилия открыто на помосте у правой стороны иконостаса собора Сковородского монастыря (об этом сообщала надпись, высеченная на раке святителя). В 1782 г. при Новгородском и Олонецком митрополите Гаврииле (Петрове) они были переложены из деревянной в позолоченную бронзовую раку. Мощи Моисея появляются среди вложений в предметы богослужения и личной святости, созданные в Москве по высочайшему заказу, с середины XVII в.: они перечислены в двух серебряных золочёных благословенных крестах, вложенных царём Алексеем Михайловичем и царицей Марией Ильиничной в приделы кремлёвского домового Благовещенского собора – во имя Собора Пресвятой Богородицы (1652/1653 г.) и Входоиерусалимский (1653/1654 г., оба в Государственных музеях Московского Кремля). Оба креста сделаны в мастерских Московского Кремля. Связанные с Моисеем священные частицы довольно часто появляются в предметах литургического обихода новгородской работы ещё до обретения мощей святителя.