Это произошло в мае 1330 г., поскольку преемник Моисея Василий Калика был избран наречённым владыкой не позднее 1 января 1331 г., а до этого новгородцы «быша без владыкы 8 месяць» («Новгородская первая летопись»). По мнению Александра Степановича Хорошева, отставка Моисея могла быть вызвана обострением социально-политической борьбы в Новгороде, а также тем, что московские власти могли быть недовольны расширением при Моисее владычной юрисдикции за счёт сужения юрисдикции княжеской. По предположению Геннадия Викторовича Попова, Моисей оставил кафедру после интердикта, наложенного митрополитом Феогностом на Псков, и отлучения от церкви Псковского (бывшего Тверского) князя Александра Михайловича, что, как полагают исследователи, означало осуждение этого акта Новгородским святителем. В 1335 г. Моисей основал под Новгородом Деревяницкий в честь Воскресения Христова монастырь; на средства святителя в нём за один год была возведена каменная церковь в честь Воскресения Господня; в 1352 г. Моисей поставил каменную церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы на Волотовом поле, при которой, как полагают исследователи, была основана иноческая обитель (позднее владычный летописец характеризовал Волотовскую церковь как «Моисеев монастырь» – «Новгородская первая летопись»). После кончины Василия Калики (ум. 3 июля 1352 г.), погребение которого возглавил Моисей, он по приглашению новгородцев вернулся на архиерейскую кафедру («пакы с молбою введоша... на свои ему стол к Святеи Софеи» – «Новгородская первая летопись»). Возведение на архиерейский стол схимника допускалось в церковной практике того времени. В этот период в Новгородской и Псковской землях была эпидемия «чёрной смерти», которая унесла жизнь многих новгородцев и псковичей, в том числе Василия Калики. В Москве от чумы скончались в 1353 г. великий князь Симеон Иванович Гордый и Феогност. Владычный летописец Моисея оставил исполненные большого сочувствия к жертвам чумы записи («Новгородская первая летопись»). Как предполагают Валентин Лаврентьевич Янин и А.С. Хорошев, в начале своего второго архиерейства Моисей оказал поддержку процессу преобразования новгородского посадничества в коллективный государственный орган из шести бояр. Кроме того, В.Л. Янин, опираясь, прежде всего, на сфрагистические данные, предположил, что в 1354 г. одновременно с проведённой в Новгороде реформой светского управления (посадничества) Моисей провёл организационную реформу владычного управления и суда, восстановил широкую юрисдикцию суда (в том числе касавшуюся имущественных отношений). По мнению исследователя, при Василии Калике её сфера применения была ограничена (судя по численности сохранившихся печатей). После возвращения на кафедру Моисей отправил грамоты в Константинополь «к цесарю (Иоанну Кантакузину) и к патриарху (Филофею Коккину) с просьбой о благословении и исправлении о «неподобных вещех, приходящих с насилием от митрополита» («Новгородская первая летопись»).