В напрестольный крест, сделанный при игумене Иосифе, по мнению исследователей, в 1660 г., для новгородского Воскресенского Деревяницкого монастыря (ныне в Новгородском государственном объединённом музее-заповеднике) уже была вложена «персть Моисея архи(е)п(ис)к(о)па», по мнению исследователей, земля или песчинка от погребения святого, помещённая в нижней фигурной дробнице на обороте креста. На лицевой стороне ей точно соответствует такого же размера дробница с резным изображением святого – резная фигура Моисея (такое внимание к облику святого и его святости объясняется статусом Моисея как основателя обители). После обретения мощей Моисея из-под спуда в 1686 г. появляются новые виды вложений. В напрестольный крест, вложенный в новгородскую церковь великомученика Феодора Стратилата на Ручью посадским человеком С.Н. Солодовниковым (1688/1689 г.; Новгородский государственный объединённый музей-заповедник), была помещена «Моисея часть раки»; в напрестольный крест работы новгородского серебряных дел мастера Г. Лопкова (1689/1690 г.; Новгородский государственный объединённый музей-заповедник), вложенный А.Б. Сназиным в Воздвиженский придел Михаилоархангельской церкви на Михайловой ул. Торговой стороны Новгорода («часть амафора Моисея архиеп(ис)к(о)па но(в)гороцкого чудотво(р)ца»). Мощи Моисея упомянуты на первом месте среди частиц от мощей русских чудотворцев, сразу после Иоанна Златоуста, в напрестольном кресте конца XVII в. (Новгородский государственный объединённый музей-заповедник). Мощевики с частью мощей Моисея упоминаются в описях новгородской Софии XVIII–XIX вв. – вместе с частью мощей Евфимия II Вяжицкого «в скрынке позолоченой», внутри жестяного ковчега в том числе в четырёх «бумашках», предназначенные для вложения в кресты. К 1833 г. в позолоченном ящике были упомянуты две «косточки» Моисея, а в жестяном ковчежце лишь одна частица. Часть мощей Моисея была вложена в большие мощевики: в серебряный ковчег с четырьмя чеканными образами, в том числе Моисея, и в серебряный крест равноконечной формы, хранившийся с другими мощами и мощевиками в Софийском соборе. Новгородский митрополит Питирим (1664–1672 гг., впоследствии Московский патриарх) пристроил придел в честь Моисея на южной стороне Михаило-Сковородского собора; в 1798 г. он был возобновлён и освящён епископом Старорусским Досифеем. Ещё раньше у Никитской церкви на Торговой стороне Новгорода был придел в честь Моисея, по предположению архимандрита Макария (Миролюбова), «со времени устройства каменной Никитинской церкви в 1406 г.». К Михаило-Сковородскому монастырю ежегодно в шестую Неделю по Пасхе направлялся крестный ход из Софийского собора во главе с владыкой, при этом во время одной из остановок софийский протоиерей читал Житие Моисея. Кроме того, в этот день софийскому клиру и владыке был «стол» в Сковородском монастыре. Ко второй половине XIX в., по свидетельству архимандрита Макария (Миролюбова), крестный ход давно не проводился. В пятницу сырной недели Новгородский архиерей ездил «на Сковоротку к чюдотворцу Моисею». Служба Моисею была составлена не позднее XVII в. В датированной октябрём 1685 г. описи имущества церкви великомученика Прокопия на Ярославовом дворе упоминается среди книг «книга писмяная в десть, а в ней служба великомученику Прокопию и преподобному Александру и Моисею новгородцкому чудотворцу».