Святитель вновь отклонил мольбы новгородцев и благословил их избрать ему преемника, «его же вы Бог дасть», т.е. жребием на престоле Софийского собора, что и было исполнено новгородцами. После второго ухода с кафедры Моисей продолжал пользоваться среди новгородцев большим авторитетом. Об этом свидетельствуют события весны 1360 г., когда произошли вооружённые столкновения жителей Софийской стороны и Славенского конца Новгорода. Наречённый архиепископ Алексий, который во второе архиерейство Моисея был владычным ключником, обратился, как полагают исследователи, за помощью к предшественнику, тот «съиха из манастыря» и способствовал примирению враждующих («Новгородская первая летопись», «Полное собрание русских летописей», том 4, часть 1, выпуск 1). Святитель был погребён 25 января 1363 г. архиепископом Алексием и собором духовенства в присутствии множества горожан в основанном им Сковородском монастыре, в котором, как полагают исследователи, пребывал после оставления кафедры. Исследователям известны владычные печати Моисея с надписью: «Моисе/ъи архиеп(иско/уп) Новгородьскыи» на одной стороне и изображением Богоматери «Знамение» в рост – на другой, а также анонимные печати, атрибутируемые В.Л. Яниным его наместникам. Распространение анонимной печати владычных наместников (при сузившейся сфере применения именной владычной печати) говорит, по мнению исследователя, о том, что «при Моисее впервые происходит становление принципиально нового состояния новгородского наместничества... В распоряжение архиепископа начинает поступать печатная пошлина со всех актов поземельных отношений, отныне скрепляемых только новгородскими владычными буллами. Указанный порядок сохраняется до падения Новгорода и ликвидации особых прав Новгородской кафедры в 1478–1480 г.» («Полное собрание русских летописей», том 1). К числу святынь, связанных с Моисеем как заказчиком, исследователи относят две иконы «Спаситель на престоле». Одна из них ныне располагается в местном ряду иконостаса Благовещенского собора Московского Кремля (1337 г., под записью, как полагают исследователи, XVII в.), другая – в местном ряду иконостаса в приделе церкви Рождества Пресвятой Богородицы в новгородском Софийском соборе (в 2003–2005 гг. была раскрыта из-под поздних записей, в результате чего обрела первоначальный облик, подтверждающий сохранившуюся дату – 1362 г.). Икона в Благовещенском соборе долгое время почиталась как «поднесённая святым митрополитом Московским Петром святителю Новгородскому Моисею при его рукоположении (1324 г.)». Традиционный извод иконы «Спаситель на престоле» в обеих иконах имеет схожие иконографические и композиционные особенности. Правая рука Господа покоится на странице открытого Евангелия, тем самым повторяя особенности извода древнейшей храмовой иконы Спасителя новгородского Софийского собора (середина XI в., под записью 1699 г., ныне в Успенском соборе Московского Кремля). Под ногами Христа, на украшенном подножии, располагается подпись с датой создания иконы, именем её заказчика (сохранилась на иконе из Благовещенского собора); подножие престола с торца образует литеру «М», а край хитона Спасителя имеет острый конец-складку, направленный точно на подпись. Столь насыщенная указаниями на молитвенное обращение заказчика-Моисея к подножию Божия престола позволила исследователям рассматривать обе иконы как часть важного этапа в новгородской живописи середины – второй половины XIX в., возможно, повторения почитаемого образца.