В годы второго периода управления Моисея епархией (1352–1359 гг.) новгородцы возвели, по крайней мере, десяток каменных церквей, при этом часто заказчиком храмов являлся сам владыка. Сразу после смерти Василия Калики в 1352 г. Моисей построил храм Успения на Волотовом поле. В 1354/1355 г. была основана каменная церковь в честь иконы «Знамение» Пресвятой Богородицы на Ильине ул. – храм-реликварий иконы «Богоматерь “Знамение”». Заказчик в летописи не указан, но, как полагают исследователи, строительство столь важного для Новгорода храма осуществлялось по заказу и при непосредственном участии владыки (однако сообщение Новгородской третьей летописи XVII в. о том, что храм был поставлен повелением Моисеем, скорее всего, как полагают исследователи, не основано на сведениях источников XIV в.). В том же году возвели и церковь святого Димитрия на Лубянице, вероятно, по заказу уличан, жителей Лубяницы (не сохранилась). В 1355 г. Моисей построил церковь во имя архангела Михаила в Сковородском монастыре. В 1356 г. уличане-«лубяницы» заложили ещё один храм – во имя великомученика Георгия Победоносца на Торгу на месте деревянной церкви. В том же году восстанавливали храм во имя Сорока мучеников на Щирковой ул. (который разрушился в 1354 г.), а также возвели три деревянные церкви (Никольские на Яковлеве ул. и на Лятке, а также святого Саввы на Козьмодемьянской ул.). Заказчик строительства этих храмов в источниках не указан. В 1357 г. в летописи опять упоминаются каменные храмы, построенные Моисеем, – церковь Святого Духа в Духовом монастыре и церковь Успения Богородицы в Радоковицах. В 1358 г. новгородцы Андреян Захарьин и Данило Кузьмин поставили деревянную церковь во имя Двенадцати апостолов, а в 1359 г. основали сразу два каменных храма: Моисей – церковь святого Прокопия на княжеском дворе, а Лазута – церковь святого Иоанна Предтечи у Немецкого двора. Моисей окончательно ушёл на покой в 1359 г., однако не прекратил заниматься храмоздательством. Ещё одно его строительное деяние – возведение церкви Благовещения на Михайловой ул., относится к последнему году жизни (1362 г.). После ухода Моисея с кафедры начинается новый период в истории новгородской архитектуры, отличающийся как спецификой художественного языка ряда памятников (применение новых декоративных элементов, увеличение значения декора в решении фасадов храма, несколько иная структура интерьера, размеры храмов), так и определёнными изменениями в области строительной технологии. Первым памятником этого направления исследователи называют церковь святого Феодора Стратилата на Ручью 1360–1361 гг. Среди памятников 1350 гг. частично сохранились три церкви: Успения на Волотовом поле (разрушена в годы Великой Отечественной войны, восстановлена в начале XXI в. по проекту Леонида Егоровича Красноречьева и Н.Н. Кузьминой), архангела Михаила на Сковородке (разрушена в годы Великой Отечественной войны, не законсервирована и практически не исследована) и великомученика Георгия на Торгу (сохранились нижние части стен), археологически частично изучен храм Знамения на Ильине ул. (архитектурно-археологическая экспедиция Ленинградского государственного университета – Санкт-Петербургского университета, В.А. Булкин). Волотовская и Сковородская церкви непосредственно связаны с именем Моисея, в строительстве церкви Знамения, по мнению исследователей, архиепископ тоже принимал участие.