Впоследствии был (как полагают исследователи, избран на вече) архимандритом Юрьева новгородского мужского монастыря (это произошло не раньше 1310 г., когда в последний раз упоминается новгородский архимандрит Кирилл – «Новгородская первая летопись»), т.е., учитывая значение этой должности в Новгороде, возглавил всё чёрное духовенство Новгорода. Через некоторое время он «вышел» в «свой» Колмов Богородицкий монастырь. В феврале 1325 г., после кончины архиепископа Давида (ум. 5 февраля 1325 г.), был избран наречённым Новгородским архиепископом (как полагают исследователи, традиционным к тому времени способом для Новгорода – по жребию на престоле кафедрального собора Святой Софии; см. характеристику Моисея во владычной летописи – «Богом назнаменан» в «Новгородской первой летописи»), после чего отправлен на хиротонию в Москву, где в то время пребывал митрополит Киевский Пётр. Первосвятитель возглавил хиротонию Моисея 9 февраля 1326 г. В Москве вместе со святителем Петром и несколькими епископами Моисей участвовал в погребении в Архангельском соборе Кремля великого князя Владимирского и Московского Георгия (Юрия) Даниловича, убитого в Орде Тверским князем Димитрием Михайловичем Грозные Очи. В Новгород Моисей вернулся 11 марта 1326 г. («во вторник на вербьнои недели» – «Новгородская первая летопись»). В 1327 г. в Новгороде «на Десятине» (земле, как полагают исследователи, издавна принадлежавшей Новгородской епископии) Моисей поставил церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы, тем самым, скорее всего, положив начало Десятинному в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырю. Моисей упоминается на первом месте среди должностных лиц Новгорода в договорной грамоте от июня 1326 г. Новгорода с королём Норвегии и Швеции Магнусом о мире на десять лет; к грамоте была привешена в том числе печать Моисея («Грамоты Великого Новгорода и Пскова»). По благословению святителя в 1326–1327 гг. была составлена договорная грамота Новгорода с великим князем Владимирским Александром Михайловичем Тверским («Грамоты Великого Новгорода и Пскова»; обращает на себя внимание требование, исходившее, как полагают исследователи, от Моисея: «А села Святои Софии исправи Святои Софии»). Через год, зимой 1327/1328 гг., после антиордынского восстания в Твери, князь Александр Михайлович нашёл убежище в Пскове, который входил в состав Новгородской епархии. В 1328 г. послы великого князя Ивана I Даниловича Калиты и новгородское посольство от тысяцкого Авраама и Моисея (который, как полагают исследователи, исполнял волю Феогноста) приехали в Псков и упрашивали князя Александра Михайловича поехать в Орду на суд хана, но он их «не послуша» («Новгородская первая летопись»). В 1329 г. в Новгород приезжал Феогност. В следующем году Моисей оставил кафедру «по своеи воли» и постригся в схиму (согласно Житию, удалился в Колмов монастырь): «...Много молиша и (его) новгородци всем Новымьгородомь с поклономь абы пакы сел на своемь престоле, и не послуша, но благослови я (их), рек: “изберете от себе мужа такого достоина, а яз вас благословляю”».