Останки Моисея были перенесены туда, после вскрытия его гробницы спецкомиссией по постановлению Леноблисполкома, произведённого 24 февраля 1936 г. (на вскрытии присутствовали около сорока местных жителей – колхозников и учащихся деревни Сковородка). 1 июня «церковь Моисея Сковородского» (Михаиловский собор) была закрыта по постановлению Леноблисполкома, согласно которому мощи Моисея было предписано сжечь без присутствия свидетелей, бронзовую раку отдать на нужды промышленности, серебряную крышку от раки сдать в райфинотдел. Однако в акте, утверждавшем постановления о закрытии данной церкви вышестоящей инстанцией (ВЦИК), распоряжения об уничтожении мощей не было. Вероятно, поэтому 22 июня 1936 г. здание Михаило-Сковородского собора, мощи Моисея, приписываемый ему напрестольный крест и всё, что находилось в соборе, были переданы Новгородскому музею; при этом Ленисполкому было доложено, что мощи, согласно его указанию, сожжены. 5 сентября 1941 г. мощей Моисея в Софийском соборе, согласно докладу от 22 декабря 1944 г. митрополиту Алексию (Симанскому; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси Алексий I) благочинного Новгородского округа протоиерея Василия Николаевского, не было (хотя в докладе указаны наряду с мощами святителей, изначально погребённых в Софийском соборе, также мощи святого князя Феодора Ярославича, перенесённые туда из Георгиевского собора Юрьева монастыря). Однако в присутствии протоиерея Василия Николаевского, получившего с третьей попытки разрешение немецких военных властей на вывоз святых мощей из Софийского собора, 6 сентября 1943 г. «по опознанию верующих» некоторые из мощей, обнаруженных в Софийском соборе, были определены как останки Моисея. Наряду с найденными там же мощами Антония Римлянина они были переложены в оказавшуюся пустой гробницу Иоанна (Илии) Новгородского и вывезены в церковь великомученика Георгия Победоносца в село Георгий (Егорье) Новгородского района. 26 сентября 1943 г. мощи Новгородских святых перевезли по железной дороге в Литву, в город Векшняй Тельшяйского уезда (в источнике – местечко Векшня Можейского уезда). После освобождения этих мест Красной Армией 31 октября 1944 г., по словам протоиерея Василия Николаевского, несмотря на то что храм сильно пострадал во время боевых действий, святые мощи остались неприкосновенными. 11 декабря 1944 г. мощи святых были на поезде возвращены в Новгород, где при содействии горсовета их поместили в Софийский собор, в том числе, как полагают исследователи, и мощи, определённые в 1943 г. как останки Моисея; 13 декабря мощи были переданы в музей. После этого следы мощей Моисея, или признанных таковыми в 1943 г., теряются; в настоящее время они считаются утраченными. Их судьба остаётся неясной: были ли они действительно сожжены в 1936 г., утрачены в 1943–1944 гг. или же пребывают в неизвестном месте. Канонизация Моисея подтверждена включением его имени в Собор Новгородских святых, восстановление почитания которого произошло в 1981 г. по благословению Ленинградского и Новгородского митрополита Антония (Мельникова). Святителю есть тропарь и кондак.