Иоанн Милютин как руководитель работ надписывал даты почитания соответствующих святого или святыни. Далее производилась брошюровка томов на основе подборки сделанных выписок в хронологическом порядке. Следствием такой «конвейерной» работы стали объёмные тома, представляющие собой составную рукопись с огромным количеством листов. Столь новаторский, во всяком случае, необычный для традиции древнерусской книжности, способ формирования кодексов исследователи объясняют тем обстоятельством, что священнику Иоанну Милютину и его помощникам приходилось работать в разных хранилищах, а сроки выполнения работ были весьма ограниченными. Так, с текстом черновика Степенной книги они работали, скорее всего, как полагают исследователи, в Москве, где он в то время хранился. В результате оказался собранным воедино обширный корпус агиографических текстов, посвящённых как канонизированным, так и неканонизированным святым, а также почитаемым святыням Российского государства. Отдельные агиографические тексты (например, «Сказание о Феодоровской иконе Божией Матери») в Милютинских Минеях представлены наиболее ранним списком, что позволяет исследователям писать о «милютинской» редакции того или иного памятника русской агиографии. У исследователей не вызывает сомнений тот факт, что священник Иоанн Милютин с сыновьями составлял Минеи по заказу, хотя в послесловии сам об этом не писал. Анализируя бумагу переплётных листов, Э.В. Шульгина сделала вывод о переплетении томов в Троице-Сергиевом монастыре. Исследовательница подчёркивает, что характер переплёта (в коже, без деревянной основы) и большой объём каждого тома делают Милютинские Минеи неудобными для повседневного чтения. В связи с этим исследователи обращают внимание на выявленный Т.В. Диановой факт пребывания Миней во второй половине XVII в. в библиотеке Московского Печатного двора. В таком качестве их упоминает архимандрит Киево-Печерского монастыря Варлаам (Ясинский) в письме патриарху Иоакиму (Савёлову) в 1689 г. В конце XVII в. Милютинские Минеи временно высылали в Киев Димитрию (Савичу (Туптало); впоследствии митрополит Ростовский) для работы над составлением «Книги житий святых». В Синодальную библиотеку из Типографской они были переданы в 1787 г. По предположению Владимира Андреевича Кучкина и Анатолия Сергеевича  Дёмина, Милютинские Минеи использовались при составлении новых изданий печатного Пролога в 1650–1660 гг. Исследователи считают вполне вероятным, что для этой цели они и были составлены. Во всяком случае, время работы священника Иоанна Милютина с сыновьями по составлению Миней укладывается в промежуток между вторым и третьим изданиями «Пролога» (1642–1643 и 1659–1660 гг.). Именно в третьем и четвёртом (1661–1662 гг.) изданиях «Пролога» появилось наибольшее количество Житий русских святых, имеющих соответствия в Милютинских Минеях. Исследователи предполагают, что после выхода в свет второго издания «Пролога» на Печатном дворе занялись подготовкой материалов для следующих изданий, в которые планировали включить комплекс Житий русских святых. Сбор материалов был поручен священник Иоанну Милютину, в результате чего и появились Милютинские Минеи. Таким образом, Милютинские Минеи Исследователи готовы рассматривать как составляющую большого проекта Московского Печатного двора середины XVII в. по изданию «Пролога».