Согласно «Анналам Линдисфарна и Дарема», составленным Симеоном Даремским (XII в.), Кутберт стал приором Линдисфарна уже в 664 г., но эта датировка, скорее всего, как полагают исследователи, неверна. На острове Линдисфарн Кутберт неоднократно совершал чудеса, исцелял больных и одержимых. По словам Беды Достопочтенного, он беседами и личным примером способствовал укреплению монашеской дисциплины (согласно одной из трактовок, Кутберт стремился ввести на Линдисфарне Устав св. Бенедикта (см. ст. Венедикт Нурсийский)). Несколько лет спустя Кутберт решил стать отшельником и поселился в безлюдном месте неподалёку от монастыря, а затем на необитаемом острове Фарн (ныне Иннер-Фарн), к югу от Линдисфарна, на котором некогда епископ Аэдан проводил сорокадневный пост. Согласно источникам XI–XII вв., отшельничество Кутберта началось в 676 г. и продолжалось девять лет, но достоверность этих указаний исследователям неясна. Фарн считался непригодным для жизни островом, населённым злыми духами. Кутберт очистил островок от их присутствия и обустроил жилище. По сообщению Беды Достопочтенного, он окружил стеной из нетёсаных камней и земли пространство диаметром 4–5 «шестов» (pertica – римская мера длины, около 3 м). Снаружи стена была выше человеческого роста, изнутри ещё больше, т.к. Кутберт понизил уровень земли, чтобы видеть только небо. На огороженном пространстве Кутберт построил молельню и хижину с земляными стенами и крышами из дерева и соломы; отдельно, близ гавани, – здание для монахов, приезжавших навестить отшельника. В строительных работах ему помогали монахи и, по сообщению автора Анонимного Жития и Беды Достопочтенного, даже ангелы. По молитве Кутберта на острове появился колодец с пресной водой. Пропитание святому первоначально привозили посещавшие островок монахи, затем он сам начал возделывать ячмень. Однажды Кутберт увидел, как вороны разоряют соломенную крышу дома для посетителей, и изгнал их с острова. Но впоследствии птицы добились от святого прощения и смогли вернуться, причём каждый ворон в благодарность принёс Кутберту кусок свиного жира. Несмотря на отшельническую жизнь, Кутберт не разорвал отношения с внешним миром. За советом и помощью к нему приезжали многочисленные посетители, как сообщает Беда Достопочтенный, даже из отдалённых частей Британии. Кутберт поддерживал контакты с представителями королевского рода. Монахиня Эльфледе (ум. в 713 г.; с 680 г. – аббатиса монастыря Стренескальк), сестре короля Нортумбрии Эгфрида (670–685 гг.), Кутберт прислал льняной пояс, благодаря которому она излечилась от паралича. По просьбе Эльфледы святой встретился с ней на острове Кокет у побережья Нортумбрии, примерно на полпути между Фарном и Стренескальком. В беседе Кутберт предсказал, что король Эгфрид вскоре умрёт, а преемником станет его младший брат Альдфрит (685 – 704/705 гг.), который в то время жил в монастыре Иона. По мнению исследователей, Эльфледа хотела получить согласие Кутберта на его избрание епископом. По сообщению Анонима и Беды Достопочтенного, Кутберт очень неохотно согласился принять епископский сан. Король Эгфрид, епископ Трумвине (в 681–685 гг. – англосаксонской епископ страны пиктов с кафедрой в Аберкорне, область Уэст-Лотиан) и другие клирики отправились на остров Фарн и с трудом уговорили Кутберта прибыть на Собор в Адтуифирди, на реке Алн (по мнению исследователей, ныне селение Алнмут в графстве Нортамберленд), и согласиться на избрание.