Зачастую леммы вносились переписчиком не сразу, а в последнюю очередь, после написания основного текста рукописи. Этим мог заниматься как сам переписчик, так и специально назначенное для такой работы лицо – рубрикатор. В результате возникали ошибки: многие леммы пропускались и перед рядом отрывков имена авторов не указывались. При дальнейшем копировании рукописи отрывки без лемм присоединялись переписчиками к предыдущим или последующим отрывкам, имеющим указание на авторство. Иногда переписчик или рубрикатор протографа по каким-либо причинам не вносил леммы в рукопись, и катенарные отрывки объединялись позднейшими переписчиками в один связанный текст так, что создавалось впечатление непрерывного комментария. Например, часть комментария Евсевия Кесарийского на псалмы является катеной без лемм, состоящей из фрагментов сочинений около шести авторов, но представленной в виде законченного толкования одного автора. С большой долей вероятности исследователи предполагают аналогичное происхождение «комментариев» Петра Лаодикийского на псалмы и Евангелия, Икумения – на книгу «Деяния святых апостолов» и Послания апостола Павла. Катены являются единственной формой, в которой сохранился текст многих оригинальных экзегетических произведений. Например, только благодаря катенам на псалмы исследователи могут судить об утерянных комментариях на эту книгу Оригена, Евсевия Кесарийского, Дидима Слепца, Аполлинария Лаодикийского, Феодора Мопсуестийского, а также о гомилиях Кирилла Александрийского на псалмы, Севира Антиохийского и о схолиях Афанасия Александрийского и Евагрия Понтийского. В поздневизантийский период, когда количество катенарных фрагментов значительно увеличилось, в маргинальных и широких катенах начала применяться сложная система ссылок в виде специальных знаков и геометрических фигур. Кроме них составители и переписчики катен использовали ряд терминов, которые были призваны облегчить читателю ориентацию в тексте. В рукописях, содержащих катены, встречаются сокращения примечаний. Эти сокращения обозначают примечания переписчика или читателя катенам. Некоторые из них ошибочно интерпретируются издателями как леммы. Даже когда сокращение действительно указывает на имя автора фрагмента, исследователям бывает трудно его определить, вследствие того что в рукописной традиции сокращённые формы написания сигл разных авторов очень похожи. Так, сигла, указывающая на Оригена, на письме схожа с сиглой, указывающей на Евагрия Понтийского, что привело к контаминации в леммах, особенно в катенах на Притчи Соломоновы. Простые ошибки переписчика (пропуск или перестановка букв) также могут стать причиной путаницы. Именно ошибками исследователи объясняют различную (в зависимости от рукописи) атрибуцию экзегетических отрывков в катенах на Книгу Иова.