Исследователи полагают, что Иоанн Предтеча рассчитывал на преобразование и обновление всего Израиля с приходом Мессии. Тем не менее, в Новом Завете говорится о его учениках, осознававших себя единой группой: они постились (Мк. 2:18–22). Согласно евангелисту Луке, Иоанн Предтеча научил их молиться неким особым образом (Лк. 11:1). Однако это свидетельство уникально, и, учитывая то, сколь большое место тема молитвы занимает в Евангелии от Луки, его историчность остаётся предметом дискуссий. В Евангелии от Матфея (Мф. 11:2) и Евангелии от Луки (Лк. 7:19) сообщается о двух учениках, которых Иоанн Предтеча посылал, находясь в темнице, к Иисусу Христу, чтобы удостовериться в том, что Он и есть ожидаемый Мессия. Евангелист Матфей отмечает, что ученики Иоанна Предтечи общались с Иисусом Христом и после погребения Иоанна Предтечи (Мф. 14:12). В Евангелии от Иоанна также присутствуют два ученика (один из которых – апостол Андрей), которые, услышав от Иоанна Предтечи, что Иисус Христос и есть Мессия (Агнец Божий), идут следом за Ним и становятся Его учениками (Ин. 1:35–41). В книге «Деяния святых апостолов» упоминается иудей Аполлос из Александрии, который был крещён Иоанном Предтечей и наставлен в «начатках пути Господня». Он проповедовал в Эфесе «о Господе», т.е., как полагают исследователи, о грядущем Мессии, а затем, встретив христиан Акилу и Прискиллу, уверовал, что Мессией является Иисус Христос, присоединился к церкви и стал проповедовать в Греции (Деян. 18:24–28). Далее приводится история об учениках, которых апостол Павел нашёл в Эфесе, после того как Аполлос ушёл в Грецию. Эти ученики были крещены только Иоанновым крещением и не имели Дара Святого Духа (Деян. 19:1–7). Дееписатель приводит их слова о том, что они «даже и не слыхали, есть ли Дух Святой». Это кажется исследователям странным, поскольку в проповеди Иоанна Предтечи прямо говорилось о крещении Духом. По мнению исследователей, смысл их ответа в том, что они не слышали о начале новой эры и о действии Святого Духа в мире, о том, что всё предсказанное Иоанном Предтечей уже осуществляется. Этих учеников было около 12 (исследователи полагают, что это число не случайно и указывает на символику 12 колен Израилевых, а значит, может быть связано с темой ожидания заключения нового завета). В период служения Иоанна Предтечи храмовое священство часто становилось объектом критики различных течений внутри иудаизма. Исследователям известны группы, которые отказались от храмового культа (например, ессеи) или создали альтернативный храм (например, Леонтопольский храм в Египте). Согласно евангелисту Марку, Иоанн Предтеча был хорошо известен первосвященникам, книжникам и старцам (Мк. 11:27–33). Евангелист Матфей приводит слова Иисуса Христа о том, что первосвященники и старцы не поверили Иоанну Предтече (Мф. 21:23–32). Поскольку прямых высказываний Иоанна Предтечи о храме не сохранилось, исследователи строят рассуждения на анализе его практики. Одни считают, что ритуалы, которые совершал Иоанн Предтеча, были альтернативой храмовому культу (причем некоторые даже называют его «чистым» священником), другие доказывают, что всё совершённое Иоанном Предтечей было в рамках закона Моисеева.