В иконописных подлинниках исследователи встречают следующие описания облика Ионы: «Сед, брада покороче Власиевы, на к(онец) мало подвоилась, на главе шапка, сакос» (Институт русской литературы); «сед, аки Власий брадою, риза святительска, оба во амфорах» (описан вместе с митрополитом Киевским и всея Руси Фотием); «надсед, брада доле Петра митрополита, на концы поуже, в саку» (Институт русской литературы); «сед, брада Сергиева, власы с ушей, в шапке и во амфоре и сакосе, в руке Евангелие. Сак бакан, испод лазорь» (Библиотека Академии Наук); тот же текст с добавлением «ризы крестечныя, сакос празелень (Российская национальная библиотека). В руководстве Виктора Доримедонтовича Фартусова Иона представлен как «глубокий старец русского типа... лицом худ, бледен, борода седая, немного более средней величины, на конце немного раздвоенная, волосы коротки; в саккосе, омофоре и палице, на голове митра в роде шапки. Можно ему писать и хартию с изречением: Чадо, не усомневайся ни в чем, яко яже невозможна суть от человек, возможна суть от Бога. Или: Да свяжется лукавый твой язык, и да заградятся хульная твоя уста». Наиболее ранним изображением Ионы исследователи считают его надгробную икону из Успенского собора Московского Кремля с образом Божьей Матери «Моление о народе», с предстоящими избранными святыми и молящимся народом (первая треть XVI в., музеи Московского Кремля). На ней святитель представлен как молитвенник за христианский род и покровитель государства, в том числе и княжеского дома, поскольку его изображение предшествует фигурам двух князей. Иона изображён в преклонных летах с седой бородой средней длины, облачён в зелёный саккос со светлыми крестами и с красным исподом, на голове архиерейская шапка (древнерусский тип митры). В ряду русских святителей и преподобных Иона встречается на иконах и в произведениях лицевого шитья. На пелене «Святители Николай Чудотворец, Пётр и Алексий Московские, с избранными святыми» (первая треть XVI в., Исторический музей), справа от полуфигур трёх Вселенских святителей, на верхнем поле вышит образ Ионы в рост в паре с Московским митрополитом Филиппом (Колычевым). У него окладистая тёмно-русая борода средней длины, облачён в зелёный саккос с красным исподом и со светлыми крестами, омофор, на голове архиерейская шапка; правой рукой благословляет, в левой держит закрытое Евангелие. По мнению Наталии Андреевны Маясовой, стиль лицевого шитья и технология изготовления пелены характерны для предметов, произведённых в великокняжеской мастерской. После общерусского прославления образ Ионы встречается на предметах, выполненных лучшими мастерами эпохи царя Ивана IV Грозного, где он представлен новым покровителем столицы и государства, образцом святительского служения. Развитие иконографии совпадает по времени с созданием в кругу книжников Московского митрополита Макария, третьей редакции Жития Ионы. Образ Ионы появился на серебряных золочёных дробницах, которыми украшались церковные одежды и предметы убранства храма. Такая дробница в форме квадрифолия сохранилась на саккосе, поднесённом царем Иваном IV Грозным «в дом пресвятыя богородицы и великих чудотворцев Петра, Алексея, Ионы» в период правления Макария (саккос Макария, 1549 г., музеи Московского Кремля).