Также представлены сцены деяний и прижизненных чудес Ионы, следующие за текстом Жития Ионы, включённого в Степенную книгу: исцеления дочери великого князя Василия II Васильевича Тёмного Анны (три клейма), боярина Василия Кутузова; предсказание смерти жадному ключнику, «роздателю милостыни», и жене нерасторопного ключаря Успенского собора Максима Мякоты, который поздно передал весть о скорой смерти Ионы. В житийный цикл включён эпизод спасения Москвы от «нашествия агарян» (видимо, посвящённый событиям 1451 г.), его композиция даже при плохой сохранности изображения напоминает иллюстрацию акафиста Ионе. Житийный цикл Ионы мог быть сокращён, как, например, на иконе «Святители Пётр, Алексий, Иона Московские, с клеймами житий» из моленной на Преображенском кладбище (XVII в., Русский музей). Житие Ионы занимает 16 клейм, примыкающих к среднику. По предположению исследователей, происхождение иконы могло быть связано с работой иконописцев Московского Кремля. Набор сюжетов соответствует тексту Степенной книги, выделены чудеса о расслабленном и о Василии Кутузове. Наиболее подробно воспроизведены несколько сцен поставления в сан и обретение мощей. Изображение Ионы часто включалось в композиции икон, прославляющих Московских святых. По мнению исследователей, наиболее распространённым был извод с изображением трёх Московских святителей: митрополитов Петра, Алексия и Ионы. О формировании особого почитания этих Московских святителей сразу после прославления Ионы может свидетельствовать приведённая выше вкладная надпись на саккосе Макария 1549 г. Подобного извода иконы писали уже в середине – третьей четверти XVI в.: согласно описи Коломны 1577/1578 г., такая икона находилась в киоте в правой части местного ряда иконостаса коломенского Успенского собора («Города Древней Руси XVI в.: Материалы писцовых описаний». М., 2002 г.). Почитание трёх Московских святителей укоренилось в церковном быту к концу XVI в.: в 1592 г. в поражённый моровым поветрием Псков была отправлена из Москвы вода с их мощей (Псковская первая летопись). В эпоху Смуты покровителями Москвы и русского воинства считаются именно три Московских святителя, в том числе Иона: им, а также Сергию Радонежскому молились русские воины под командованием Михаила Васильевича Скопина-Шуйского перед битвой с гетманом Романом Ружинским у Александровской слободы в ноябре 1609 г. (Полное собрание русских летописей, том 34), что было возможно только при широком распространении икон подобного извода. Икона трёх Московских святителей участвовала 14 марта 1613 г. в крестном ходе в костромской Ипатиевский монастырь для «умоления» Михаила Фёдоровича Романова взойти на царский трон; такая икона показана среди образов во время крестного хода при встрече царя Михаила Фёдоровича с матерью инокиней Марфой Ивановной летом 1613 г. в иллюстрациях «Книги об избрании на царство Михаила Фёдоровича» 1672–1673 гг. Подобная икона была в московском Успенском соборе у раки святителя Петра («над гробом чудотворца») в северном алтаре – «образ, большая пядница, чудотворцев Петра, Алексия и Ионы, обложены серебром, венцы сканные». На пяднице из ризницы Соловецкого монастыря (конец XVI – начало XVII вв.) Иона представлен в саккосе охряного цвета с зеленофонными кругами в красных обрамлениях, митре, омофор перекинут через левую руку.