Дробница с образом Ионы находилась на драгоценном окладе, изготовленном по царскому заказу для чудотворной Великорецкой иконы Николая Чудотворца в 1555–1556 гг. во время пребывания вятской святыни в Москве (не сохранилась, известна исследователям по описаниям XIX в.). Фигуры Ионы и Московского митрополита Петра помещены на правом поле Владимирской (Волоколамской) иконы Божьей Матери (около 1572 г., музей Андрея Рублёва), написанной столичным мастером по заказу Малюты (Григория Лукьяновича) Скуратова-Бельского. Фигура святого повёрнута вполоборота к среднику, обеими руками он придерживает у груди закрытое Евангелие. Иона в светлом узорчатом саккосе, в омофоре с синими крестами, в зелёном подризнике с золотыми зарукавьями, в архиерейской шапке. Особое почитание Ионы и создание его изображений на предметах церковной утвари связаны с Успенским собором Московского Кремля. По описям собора, прежде всего, по самой ранней сохранившейся – начало XVII в. (по датировке Т.С. Борисовой, 1609–1611 гг.) – известны серебряная рака с рельефной фигурой святого, несколько лицевых покровов на его мощи, иконы в алтарях собора (главном и «кадильном», т.е. жертвеннике) с одиночным образом Ионы и с другими чудотворцами – покровителями Москвы. «Повелением благочестивого царя и великого князя Феодора Ивановича всея Руси, и верою его несумненною, и слезами тёплыми зачали делати раки серебряные кованыя, многоценныя великим светильником, столпом Русския земля…» (Полное собрание русских летописей, том 34). Так, в 1585–1586 гг. появились драгоценная рака с рельефным изображением Ионы на крышке и раки для мощей других русских святых. По мнению исследователей, замысел создания такого надгробия-реликвария был сформирован ещё в царствование Ивана IV Грозного; в Житии Ионы упоминается чудо, которое произошло в 1555–1556 гг., когда некая слепая жена, молившаяся об исцелении у Великорецкой иконы Николая Чудотворца в Успенском соборе, а также у надгробий святителей и у чудотворных икон, была исцелена у мощей «дуновением святого Ионы» (Полное собрание русских летописей, том 21, часть 2). Сохранились боковые стенки раки, обложенные серебром (музеи Московского Кремля); чеканное изображение на крышке известно из соборных описей. Рельефное изображение Ионы из серебра было позолочено и украшено по одеждам и венцу драгоценными камнями (яхонтами, изумрудами и лалами). Святой был облачён в «сак» (саккос), омофор, архиерейскую шапку, в руке держал Евангелие. В верхней части крышки, над рельефной фигурой святого в рост, были вычеканены изображения: в центре – Святой Троицы, в углах – Богоматери и св. Иоанна Предтечи. К началу XVIII в. крышка раки Ионы была установлена в киоте над надгробием и стала почитаться как икона. Существует деревянный рельеф с образом Ионы, по мнению исследователей, также служивший крышкой его раки (последняя четверть XVII в., музеи Московского Кремля). В Успенском соборе Московского Кремля сохранились пять надгробных лицевых покровов с образом Ионы, выполненных в середине XVI – начале XVIII вв. (все – в музеях Московского Кремля). Как правило, это – вклады московских цариц, изготовленные в их мастерских, древнейшие были пожертвованы в собор царицей Анастасией Романовной.