В книгах «верхнего относа» (выдача материалов для дворцовых мастерских) под 15 декабря 1616 г. указан «покров Ионы митрополита, камка куфтерь багрова, около шит тропарь: «ото юности своея» серебром, образ его назнаменан белилы, подкладка холст бел». По мнению исследователей, работа над этим покровом была начата ещё до Смуты. Поскольку покров был передан в хоромы царицы-инокини Марфы Ивановны, исследователи предполагают, что окружение молодого царя Михаила Фёдоровича после завершения шитья фигуры Ионы в среднике надеялось на покровительство святого. В 1642 г. мастер Марк знаменил шесть дней на убрусе «по тафте жолтой» деисусную композицию с изображением святителей Петра, Алексия и Ионы, а также святителя Феогноста. Этот шитый приклад предназначался, по мнению исследователей, для одной из икон дворцовой церкви в честь Рождества Пресвятой Богородицы «что на сенях». Появление образа «нового чудотворца» Ионы в произведениях второй половины XVI в. прославляло благодатность Русской церкви, давшей многочисленных святых и подвижников. В росписях Благовещенского собора Московского Кремля (1547–1551 гг.) фигура Ионы в молении включена в композицию «Поклонение Жертве» в нижнем ярусе центральной алтарной апсиды. Со святителями Филиппом, Петром и Алексием Иона изображён в алтарной части Троицкого собора Ипатиевского монастыря (1685 г., артель Гурия Никитина). В стенописи собора Успенского монастыря в Свияжске (середина – вторая половина XVI в.; по датировке Александра Сергеевича Преображенского, конец XVI – начало XVII вв.) Иона помещён в центральном регистре на северной стороне северного столпа, располагающегося в алтарной части здания. Святитель представлен в полном облачении, с поднятой высоко вверх благословляющей рукой. Сохранилась икона с образом Ионы, происходящая из церкви апостола Филиппа собора Двенадцати апостолов Московского Кремля (1690 г., музеи Московского Кремля). Святой представлен в рост, правой рукой благословляет, левой держит Евангелие на плате. На нём узорчатый зеленоватый саккос, омофор и архиерейская шапка. Житийные иконы Ионы чрезвычайно редкие. Наиболее обширный цикл чудес и деяний показан на иконе письма вологодского иконописца Якова Тарасова (Таранова; 1644 г., Исторический музей), созданной для придела во имя Ионы церкви во имя Трёх святителей в Голенищеве, древней загородной Патриаршей резиденции. Икона пострадала от огня и была отреставрирована до начала ХХ в. В среднике по традиционной схеме житийных икон святителей, принятой с конца XV – начала XVI вв., показана фигура Ионы в рост, в митрополичьем облачении; правой рукой он благословляет, левой держит Евангелие. Средник окружён 20 клеймами с житийными сценами рождения, поставления в сан, погребения. Подробно иллюстрированы деяния и чудеса Ионы; в двух клеймах изображены его пострижение в монашество и пророчество об Ионе святиетля Фотия. Сцен поставления в сан две: в пресвитеры и в епископы Рязани и Мурома. Путешествие в Царьград «поставления ради в митрополиты» напоминает эпизод из Жития святителя Петра.