Первый покров создан, по мнению исследователей, после Собора 1547 г. (по датировке Н.А. Маясовой, в 1549–1552 гг.; согласно надписи, вложен царицей в Успенский собор на празднование памяти Ионы в 1558 г.); другой был вложен в 1551–1553 гг.; существует покров из мастерской царицы Марии Ильиничны 1650–1660 гг. Кроме того, покровы на гробницу Ионы в Успенском соборе были созданы во второй половине XVII – начале XVIII вв. в крупнейших мастерских: в сольвычегодской А.И. Строгановой (1657 г.) и в московской А.П. Бутурлиной (конец XVII – начало XVIII вв.). Выполненные по общей иконографической схеме покровы отличаются техникой исполнения и некоторыми деталями. Так, древнейший покров из мастерской царицы Анастасии Романовны шит разноцветными шелками. Характерные детали изображения: небольшая архиерейская шапка с короткой опушкой и плотно прилегающей к голове невысокой округлой тульей; на окладе Евангелия Голгофский крест с надписью (на других покровах – Распятие). Личное и телесное шитьё исполнено без разделки (правая рука с двуперстным благословением дана лишь контуром) и притенений. Другой покров царицы Анастасии (1551–1553 гг.) отличается более плотными пропорциями фигуры, использованием преимущественно золотного шитья, а также обилием драгоценных камней и жемчуга. В обширной вкладной надписи сделан акцент на молении Ионы о здравии представителей правящей семьи, прежде всего, царских «чад». Исследователи полагают, что почитание Ионы в царской семье было связано с «молением о чадородии» и с покровительством детям во время болезней. Было известно о заступничестве Ионы за детей великого князя Василия II Васильевича Тёмного, князей Ивана и Юрия во время феодальной войны, а также чудо с исцелением дочери великого князя Василия II. На протяжении XVII в. шитый золотом и серебром покров, вложенный в 1551–1553 гг., упоминается в описи ризницы собора. В XVI–XVII вв. один из покровов, дар царицы Анастасии, вместе с лицевым покровом святителя Петра выносили во время крестных ходов из собора в дни празднования памяти святителей, а также на Пасху, во время Светлой седмицы и в некоторые двунадесятые праздники. В письменных источниках, прежде всего, в Служебниках московского Успенского собора, не уточняется, был ли это покров, вложенный в 1551–1553 гг. или в 1558 г. Оба покрова со временем стали воспринимать как святыни, связанные с почитанием Ионы; к началу XVIII в. они находились в раке на его мощах. По мнению исследователей, в этот период на древнейшем покрове Ионы вклада 1558 г. была сделана прорезь под правой, благословляющей рукой святого, предназначенная для прикладывания молящихся к мощам. Создание лицевых покровов на мощи Ионы стало традицией для царских мастериц XVII в. Покров работы мастерской царицы Марии Ильиничны, знаменованный царскими мастерами, украшен жемчужной обнизью, которая тонко обрамляет контуры фигуры и детали облачений, а также эмалевыми запонами. В верхней части помещено изображение Святой Троицы. Как и на древнейшем покрове царицы Анастасии Романовны, нимб над головой Ионы украшен орнаментом, архиерейская шапка имеет округлую форму.