Иона представлен также на иконе первой половины XIX в. из старообрядческой моленной на Волковом кладбище в Санкт-Петербурге (музей истории религий). В искусстве XVIII–XIX вв. иконография Ионы изменяется: вместо традиционной митры появляется клобук, например, на поясном гравированном изображении святителя на фрагменте серебряного с золочением складня-мощевика работы московского мастера А.А. Жданова (1720 г., музеи Московского Кремля). Образ Ионы включён в группу святых XIV в. в стенописи галереи, ведущей в пещерную церковь Иова Почаевского в Почаевской Успенской лавре (живопись в академической манере конца 1860 – 1870 гг. работы иеродиаконов Паисия и Анатолия, поновлена в 1970 гг.). На рельефе памятника 1000-летию России в Новгородском кремле (1862 г., скульпторы Михаил Осипович Микешин, Иван Николаевич Шредер, архитектор Виктор Александрович Гартман) Иона изображён среди российских просветителей. Несколько изображений Ионы было представлено в убранстве храма Христа Спасителя 1870 гг.: на иконе слева от царских врат главного иконостаса (выполнена на бронзовой посеребрённой доске Кириллом Антоновичем Горбуновым), на иконе трёх Московских святителей над северными дверями главного иконостаса, в росписи северной стены западного крыла храма (в рост, писал В.Д. Фартусов), а также среди горельефов нижнего ряда восточной стороны храма, на арках малых врат, вместе с Филиппом (скульптор Пётр Карлович Клодт). В иконописи XX в. Иона присутствует в группе Московских святых на иконе «Все святые, в земле Русской просиявшие», созданной в 1934 г. монахиней Иулианией (Соколовой) для Афанасия (Сахарова; ризница Троице-Сергиевой лавры), а также на её повторениях 1950 гг. (ризница Троице-Сергиевой лавры). Протоиерей Вячеслав Савиных и Наталья Дмитриевна Шелягина выполнили прорись с ростовым образом Ионы для Миней Московской патриархии. Иона также представлен на современных иконах Соборов Московских святых (например, на иконе из митрополичьих палат Троице-Сергиевой лавры). При обретении мощей Ионы были найдены нетленными и предметы его облачения: «...Ризы, и амфор и прочая…» (Полное собрание русских летописей, том 18). Из сохранившихся предметов, принадлежавших Ионе, следует упомянуть лжицу и поручи. Лжица Ионы с несколькими футлярами названа в описи среди сосудов в ризнице Успенского собора Московского Кремля уже в начале XVII в.: «...Лжица чудотворца Iоны костяная рыбей зуб, а на конце у нее оковано золотом…», к началу XVIII в. она находилась в алтаре собора среди мощевиков и реликвариев.