Н.А. Маясова соотносит с этим памятником письменные известия о покрове, который в конце 1650 г. «знаменил иконник Степан Резанец»; в январе 1652 г. руководительница мастерской боярыня Аксиния Еропкина принимала шёлковые нити для «Ионы митрополита на покров». На основе стилистических особенностей исследовательница считает, что покров Ионы был окончен уже в 1660 гг. Покров 1657 г. был шит в мастерской Анны Ивановны Строгановой «по обещанию» её сына, Григория Дмитриевича Строганова, по возрасту ещё младенца, возможно, в связи с его выздоровлением. Облик святого на этом покрове традиционный, исключение составляют заострённая форма завершения архиерейской шапки и изображение Распятия на окладе Евангелия. Подобно произведениям царских мастерских, в шитье покрова доминируют золотные и серебряные нити. В подписи Иона назван «митрополитом Киевским и всея Руси чудотворцем», а во вкладной надписи – «митрополитом Московским». На покрове из мастерской А.П. Бутурлиной присутствуют детали облачения, свойственные позднему времени: митра с дробницами, наперсная панагия и палица у правого бедра. В описях собора упоминается икона Ионы в жертвеннике («что стоить у горнева местa»), служившая выносным образом в крестных ходах из Успенского собора. Она входила в число образов, прославлявших память Московских митрополитов XIV–XV вв., погребённых в соборе, наряду с иконой святителей Петра, Киприана и Фотия, а также с Владимирской иконой Божьей Матери «писма Симана митрополита». Икона Ионы была помещена в богатый оклад, от её убранства сохранилась лицевая пелена с шитой фигурой Ионы (середина XVI в., музеи Московского Кремля). На пелене Иона изображён по типу Николая Чудотворца (Зарайского) и по той же схеме, что и московские святители Пётр и Алексий на иконах Дионисия: в рост, с поднятыми и разведёнными в стороны руками, правой благословляет, левой святитель держит Евангелие на плате. Святительское облачение – саккос с крестами, омофор; архиерейская шапка с шитым на ней херувимом облегает голову плотно, борода без раздвоения на конце. Тип лика близок к лику, изображенному на первом покрове работы мастерской царицы Анастасии, хотя в целом исследователи отмечают иные пропорции фигуры. В качестве обрамления, так же как на надгробных покровах, использован фрагмент текста тропаря святому (глас 4: «...От юности своея…»). В описях собора упоминается эта «пелена, а на ней вышит образ Ионы чудотворца золотом и серебром по таусинной камке». К началу XVIII в. икона и пелена уже названы ветхими. Иконы Ионы небольшого размера («пядницы») в драгоценных окладах находились в «обеих алтарях» собора, т.е. в главном и северном боковом (жертвеннике), в том числе над дверями вместе с образами других Московских святителей. Образ Ионы, как полагают исследователи, в молении Божьей Матери, был «наведён чернью» на золотой иконе с красным яхонтом в оглавии, приложенной к древней иконе Димитрия Солунского в южной части местного ряда иконостаса. Помимо сохранившихся лицевых покровов и пелен в Успенском соборе по опубликованным письменным источникам исследователям известны другие произведения царских мастерских с образом Ионы.