В середине I в. до н.э. в Иудее началась гражданская война между сторонниками Иуды Аристовула II и Иоанна Гиркана II. Противоборствующие стороны остановило только вмешательство третьей силы – Рима. В 63 г. до н.э. по просьбе обеих сторон Помпей вошёл в Иерусалим, поставил Иоанна II Гиркана первосвященником и упразднил должность царя. Над Гирканом II был назначен «опекун» – идумеянин Антипатр, отец будущего царя Ирода Великого. Иудея снова стала зависимой, на этот раз от Рима. Общественная и религиозная жизнь Иудеи хасмонейского периода отмечена серьёзными противоречиями. Главная проблема, по мнению исследователей, заключалась в том, что, с одной стороны, Иудея после Маккавейского восстания стала независимым государством, и иудеи могли больше не бояться гонений за веру; с другой – в ней продолжился процесс эллинизации, инициированный греками и поддержанный еврейской знатью. С того момента как в 143 г. до н.э. Симон с согласия священников провозгласил себя «начальником и первосвященником навек, доколе восстанет Пророк верный» (1 Макк. 14:41), Иудея оказалась втянутой в большую политику, и её лидеры, желая выступать на равных в переговорах с правителями Сирии и Египта, были вынуждены говорить с ними на языке одной культуры. В результате постепенно, начиная с Иоанна I Гиркана, правители рода Хасмонеев становились всё больше похожими на тех, с кем прежде боролись (некоторые исследователи разделяют эпоху Хасмонеев на «ранних» и «эллинизированных»). Хасмонеи, подобно эллинистическим правителям, чеканили собственную монету с греческой легендой, имели собственное войско, строили города в греческом стиле, однако это не означало, что они отказались от своей веры. Их столицей оставался Иерусалим, они по-прежнему заботились о соблюдении религиозных предписаний о жертвоприношениях в Иерусалимском храме и даже обратили в иудаизм некоторые соседние народы. Но даже малая степень эллинизации для большинства иудеев была неприемлемой. Положение усугублялось тем, что Хасмонеи, не имевшие отношения ни к роду Садока, ни к роду царя Давида, начиная с Ионафана, носили титул первосвященника, а со времени Аристовула I – титул царя. Всё это вело к волнениям и усилению оппозиции. Согласно Иосифу Флавию, уже в хасмонейский период возникают три религиозно-политические партии: фарисеев, саддукеев и ессеев. Главным для всех партий был вопрос о законности обладания Хасмонеями титулом первосвященника. Изначально фарисеи поддержали Хасмонеев, но позже, когда Иоанн II Гиркан сосредоточил в своих руках значительную светскую власть, они предложили ему оставить служение первосвященника. Вплоть до начала правления Саломеи Александры фарисеи находились в опале, пока их статус самой влиятельной группировки не был восстановлен.