Артаксеркс I снабдил Ездру значительными полномочиями и финансовыми средствами и поручил ему организовать ремонт Иерусалимского храма, следить за соблюдением закона Моисеева, поставить «правителей и судей, чтоб они судили весь народ за рекою» (1 Езд. 7:25) и наставлять в законе тех, кто его не знают. Придя в Иерусалим, Ездра повёл борьбу против смешения иудеев с другими народами; эта борьба закончилась его полной победой – иудеи покаялись и изгнали своих иноплемённых жён и рождённых от них детей. По просьбе народа Ездра организовал чтения «из закона Божия», к которым присоединялись толкования (Неем. 8:8). Правителем в Иудею Артаксеркс I послал Неемию, сына Ахалиина, дав ему «письма к заречным областеначальникам» (Неем. 2:7), чтобы они помогли ему безопасно достигнуть Иерусалима и осуществить ремонт городских стен. Несмотря на противодействие правителей соседних областей, ему удалось увеличить численность населения города (Неем. 7:6–67) и провести экономические и социальные реформы. Исследователи предполагают, что Неемия впервые со времени Зоровавеля восстановил провинцию Иудея, в течение нескольких десятилетий до этого управлявшуюся наместниками Самарии, в качестве самостоятельной политической единицы. Деятельность Ездры и Неемии заложила основу политической и религиозной жизни Иудеи в последующие несколько веков, однако она стала одной из главных причин окончательного разделения иудеев и самарян, не признавших восстановленный в Иерусалиме храм и организовавших независимый культовый и религиозный центр на горе Гаризим. Правление Дария II (423–404 гг. до н.э.) отмечено несколькими восстаниями против персидского владычества, в первую очередь, в Мидии, Анатолии и Сирии. На их подавление был отправлен египетский наместник Аршама, однако в его отсутствие возникли беспорядки и в самом Египте. От этого периода сохранилось важное свидетельство – письма, посланные в 408 г. до н.э. иудейскими наёмниками в персидско-иудейском гарнизоне, который располагался в Элефантине. В этих письмах, адресованных наместникам Иудеи и Самарии, содержатся сообщение о том, что во время египетского восстания был разрушен находившийся в Элефантине иудейский храм, и просьба помочь в его восстановлении. В годы правления Артаксеркса II (404–359 гг. до н.э.) развивались процессы, которые привели впоследствии к распаду Персидской империи. В результате успешного восстания, во время которого была уничтожена и персидско-иудейская колония в Элефантине, на 60 лет (вплоть до 342 г. до н.э.) получил независимость Египет. Вскоре после восстания египтяне организовали военную кампанию против Персии, которая стала возможной благодаря вооружённому конфликту между Артаксерксом II и его братом Киром.