Египетскими войсками, по мнению исследователей, были постепенно оккупированы часть Палестины и прибрежные территории, включая Тир и Сидон. К этому времени исследователи относят две найденные в Палестине египетские надписи. Египетские войска были вытеснены из Палестины к 380 г. до н.э. совместными усилиями правителей нескольких персидских сатрапий. Египетская оккупация Палестины возобновилась на короткое время в 360 г. до н.э. в результате совместной операции войск фараона Тахоса и греческих наёмников, получившей, как полагают исследователи, поддержку жителей Финикии. Планы Тахоса, который собирался расширить военные действия против Персии, были расстроены восстанием в Египте. В 359 г. до н.э. к власти пришёл Артаксеркс III, правление которого также было отмечено восстаниями в разных сатрапиях. При поддержке Египта добились независимости финикийские города, однако уже в 345 г. до н.э. Артаксерксу III удалось отвоевать Сидон, а затем были возвращены и остальные части финикийского побережья. В настоящее время у исследователей недостаточно исторических данных для выяснения вопроса о том, принимала ли провинция Иудея участие в восстании финикийских городов. Cообщения Евсевия Кесарийского и Иосифа Флавия  исследователи понимают как доказательства участия иудеев в таком восстании в правление Артаксеркса III, в результате чего многие из них были высланы из Палестины в Гирканию. В Персидской империи Палестина входила в сатрапию Аварнахара (букв. – за рекой – 1 Езд. 4:10 слл.). В правление Кира в эту сатрапию были включены все завоёванные территории, в том числе и Вавилон, однако впоследствии, в процессе реорганизации административной системы при Дарии I, Вавилон вместе с Ассирией составил отдельную, девятую сатрапию, а Аварнахара (ставшая пятой сатрапией), по мнению исследователей, объединила Финикию, Сирию, Палестину и Кипр. Для исследователей есть историческая проблема, которая заключается в том, что эти данные основываются лишь на более поздних источниках и не находят подтверждения в немногочисленных документах того времени (Бехистунская надпись и др.). По этой причине исследователи делают предположения о том, что список сатрапий, приводимый Геродотом, может отражать административное деление империи в более позднюю эпоху, возможно, в правление Ксеркса I (486–465 гг. до н.э.). При завоевании вавилонской территории Персия унаследовала и, как полагают исследователи, поначалу использовала административное деление, существовавшее прежде в Вавилоне и Ассирии. Иудея и Самария вошли в Персидскую империю как отдельные административные единицы, о чём косвенно свидетельствуют библейские наименования Шешбацара «князем Иудиным» (1 Езд. 1:8) и Зоровавеля «правителем Иудеи» (Агг. 1:1). В то время как положение Иудеи и Самарии в персидский период оказывается достаточно ясным, мнения исследователей относительно административного устройства остальной части Палестины расходятся; окончательное решение вопроса им кажется невозможным из-за недостаточности источников.