28 декабря 1920 г. появился циркуляр еврейского отдела Наркомпроса о ликвидации хедеров и иешив. Было организовано несколько публичных процессов. На первом процессе (Витебск, 1921 г.) в приговоре суда говорилось, что хедеры должны быть закрыты по возможности в кратчайшие сроки, а дети отправлены в еврейские школы с преподаванием на идиш. Многие руководители и преподаватели иешив вместе с учениками уехали из страны. Например, в Польшу переселились раввины Моше Соловейчик, сын Хаима Соловейчика (глава Воложинской иешивы), Исраэль Меир ха-Кохен, Иссер Залман Мельцер (глава Слуцкой иешивы). В пределах бывшей черты осёдлости оставались хедеры и иешивы, которые действовали полулегально, получая финансовую помощь от образованного в 1922 г. Комитета раввинов под руководством главы хасидов Хабада рабби Й.И. Шнеерсона. Так, в 1928 г. Комитет раввинов регулярно помогал 22 хедерам и был связан ещё с 44. Всего в религиозных школах обучались около 20 тыс. еврейских детей. Комитет поддерживал также 12 иешив, в которых было 620 учеников. Подавляющее большинство религиозных учебных заведений всех типов принадлежало движению Хабад. Работой нескольких иешив руководили митнагдим, в том числе в Минске и Слуцке. В начале 1920 гг. Хабад организовал иешивы «Тиферет бахурим» (в Москве, Ленинграде, Минске, Витебске), в которых по вечерам обучалась молодёжь. В 1925 г. по инициативе рабби Й.И. Шнеерсона в городе Невеле (ныне Ленинградской области) была открыта иешива для подготовки раввинов и шохетов. С 1925 по 1928 г. её окончили 48 человек, а в 1928 г. в ней обучалось 65 учеников. Некоторые иудейские общины получали помощь непосредственно от американского «Джойнта», например, община Одессы, где функционировало также несколько хедеров. В 1922 г., во время кампании по изъятию церковных ценностей, Емельян Михайлович Ярославский опубликовал в газете «Известия» статью «Что можно взять в синагогах», в которой предложил обложить прогрессивным налогом места в синагоге (т.к. места в главном зале петроградской синагоги продавались на год) и алия ла-Тора (вызов к чтению Торы). В хоральной синагоге Петрограда были изъяты все предметы из серебра, в доме омовения при еврейском кладбище было изъято 11 серебряных венков, в Москве в хоральной синагоге было реквизировано 73 серебряных предмета и два предмета из золота. В 1920 гг. были арестованы многие еврейские служители культа (например, в Гомеле были приговорены к различным срокам заключения десять шохетов). В 1923 г. Еврейский комиссариат опубликовал распоряжение о реквизиции зданий синагог, перед этим закрытых «по просьбе трудящихся», где предполагалось открыть школы. В 1920 гг. были закрыты центральные синагоги в Витебске, Минске, Гомеле, Харькове, Бобруйске и других городах. Верующие обращались с протестами в центральные органы власти. Так благодаря протестам раввина Якова Исаевича Мазе и группы верующих уже готовое решение о закрытии Московской хоральной синагоги было отменено. В 1926 г. была закрыта хоральная синагога в Киеве, её здание передали под еврейский рабочий клуб.