В мае 1882 г. были приняты Временные правила, запрещавшие евреям поселяться в деревнях, приобретать недвижимость и арендовать землю вне местечек и городов, торговать по воскресеньям и в христианские праздники. Центральные и местные власти часто произвольно толковали эти правила, ужесточая ограничения. В 1880 гг. Сенат боролся с необоснованным толкованием законов и с попытками местных властей объявлять местечки селами, искусственно создавая законные основания для высылки евреев. На протяжении 1880 гг. издавались указы, ограничивавшие возможность поступления евреев в высшие и средние учебные заведения. Если в 1883 г. ограничения касались только Горного института в Санкт-Петербурге, то уже в июле 1887 г. в циркулярах министра народного просвещения Ивана Давыдовича Делянова (1882–1898 гг.) говорилось о введении процентной нормы (установлении максимально допустимой доли евреев в общем числе студентов) по всей стране. Таким образом, власти отказались от политики ассимиляции евреев при помощи образования и их сближения с остальным населением империи. При императоре Николае II (1894–1917 гг.) была распущена работавшая с конца 1890 г. комиссия под председательством товарища министра внутренних дел Икскуля фон Гильдебрандта по пересмотру Временных правил 1882 г., которая предлагала их отменить. В 1898 г. Сенат запретил евреям (включая имевших право на повсеместное проживание) выбирать местом жительства Сибирь. 5 июня 1899 г. был издан циркуляр об установлении процентной нормы количества студентов-евреев в университетах не по общему числу студентов, а по каждому факультету, что значительно уменьшало число евреев среди них. По вышедшему в июле 1901 г. циркуляру, число студентов-евреев в университетах должно было составлять в столицах до 2%, в других внутренних губерниях – до 3%, в черте осёдлости – до 7%. Прежняя процентная норма и её исчисление по общему числу студентов были восстановлены только при министре народного просвещения Григории Эдуардовиче Зенгере (1902–1904 гг.). В 1899 г. были утверждены «Московские временные правила», затруднявшие вступление евреев в купеческие гильдии Москвы. В это время в Москве уже была построена хоральная синагога (1891 г.), но она так и не была официально открыта, т.к. властям показалось, что купол синагоги напоминал купол православного храма, и его приказали переделать, а также убрать с фронтона изображение скрижалей Моисея. Переделка синагоги затянулась, но богослужения в ней проводились.