В 1990 гг. количество религиозных организаций выросло с 26 (1992 г.) до 114 (1999 г.). Постепенно еврейские общины в России стали частью одного из трёх основных направлений в раввинистическом иудаизме – ортодоксального, хасидизма или современного (реформистского) иудаизма. В 1993 г. как правопреемник ВСЕРО был зарегистрирован Конгресс еврейских религиозных организаций и объединений в России (КЕРООР). Главным раввином был избран раввин Московской хоральной синагоги Адольф Соломонович Шаевич. В КЕРООР вошли общины как классического для России ортодоксального иудаизма, так и хасидские. В 1995 г. хасиды (а позднее и часть ортодоксальных общин) покинули КЕРООР из-за того, что в состав конгресса общин были приняты реформисты, которые с 1993 г. имеют свою централизованную структуру – Объединение религиозных организаций современного иудаизма в России (ОРОСИР; председатель – И.М. Щербань). Раввин Зиновий Львович Коган, представляющий реформистов, является председателем КЕРООР. В ноябре 1999 г. на съезде представителей еврейских религиозных общин была образована Федерация религиозных общин России (ФЕОР), объединившая часть ортодоксальных общин и общины хасидов Хабад. Главным раввином ФЕОР стал Берл Лазар. В 1996 г. группой еврейских банкиров и предпринимателей во главе с Владимиром Александровичем Гусинским был создан Российский еврейский конгресс (РЕК) «для поддержания еврейской общинной жизни во всём её многообразии». В 1996–2001 гг. РЕК вкладывал большие финансовые средства в образовательные, культурные и благотворительные программы. На средства РЕК в 1998 г. была построена мемориальная синагога на Поклонной горе. В настоящее время председателем конгресса является Юрий Исаакович Каннер (с 2009 г.). В 2002 г. Ваад и РЕК стали соучредителями Евроазиатского еврейского конгресса (ЕАЕК). В 2002 г. по инициативе Ваад и ФЕОР был создан Всемирный конгресс русскоязычного еврейства (ВКРЕ). В 1995 г. было зарегистрировано Духовное управление караимов России. В 2001 г. в России в качестве отделения Всемирного конгресса бухарских евреев был создан Конгресс бухарских евреев России и СНГ. В 2003 г. был образован Всемирный конгресс горских евреев (центр находится в Москве), который является коллективным членом Евроазиатского еврейского конгресса. В 2005 г. в Москве при содействии ФЕОР прошёл учредительный съезд Совета сефардских евреев СНГ. Официально на 1 января 2011 г. были зарегистрированы 282 религиозные иудейские организации. В России продолжают также реализовываться образовательные и научно-образовательные проекты, связанные с еврейской культурой и раввинистическим иудаизмом. В Москве работают Институт изучения иудаизма под руководством раввина Адина Штейнзальца (1989 г.), Государственная классическая академия имени Маймонида (1992 г.), Международный еврейский институт экономики, финансов и права (2002 г.; до 2008 г. – Международный институт XXI века), Центр научных работников и преподавателей иудаики в вузах «Сэфер» (1994 г.), Российско-американский центр библеистики и иудаики при РГГУ (1991 г.), Центр изучения иудаизма и еврейской цивилизации при ИСАА МГУ (ЦИИЕЦ) (1991 г.); в Санкт-Петербурге – Петербургский институт иудаики (1992 г.), Центр «Петербургская иудаика» и Центр библеистики и иудаики (2000 г.) при философском факультете СПбГУ.