В 1892 г. по предписанию властей службы в синагоге были запрещены и, чтобы сохранить здание, община открыла там ремесленное училище-приют, в 1895 г. преобразованное в приют-училище «Талмуд-Тора». В конце XIX в. в Москве существовал лишь частный еврейский молельный дом банкира Лазаря Соломоновича Полякова на Большой Бронной. В 1891 г. из Москвы было выселено около 30 тыс. евреев, не имевших права находиться за чертой осёдлости. В городе осталось около 5 тыс. евреев. В последние 20 лет XIX в. и особенно в начале ХХ в. развивались и усложнялись формы еврейского образования. С 1870 гг. получило популярность движение «Мусар» («Мораль»), которое возникло в среде литературных митнагдим как стремление противостоять ассимиляции. Свою главную задачу движение видело в создании новой формы религиозного образования, сочетающей интеллектуальное и нравственное развитие учащихся, дающей целостное формирование личности в условиях ригористического жизненного уклада, основанного на законах галахи. В 1882 г. была создана Слободская иешива, которая к началу XX в. стала одной из авторитетнейших в Европе. В 1887 г. специальная раввинская комиссия в составе 12 человек, собравшаяся в Санкт-Петербурге, согласилась на преподавание в иешивах русского языка в объёме курса первого класса гимназии при условии, что занятия будут проходить в отдельном здании и под строгим надзором главы иешивы. Закон, принятый в 1893 г., определил новые легальные основы существования хедеров и иешив, в том числе хасидских. В 1897 г. была основана иешива Хабада «Томхей тмимим». В 1905 г. Ицхак Яаков Рейнес создал в городе Лида (современная Белоруссия) иешиву, где изучались также и светские науки. Светские еврейские школы создавали ОПЕ, сторонники еврейского национального движения (открывавшие так называемые реформированные хедеры – хадарим метукканим), а также ОРТ. В 1907 г. ОПЕ открыло в Гродно первые в России курсы для подготовки еврейских учителей, изучавших общие науки и иудаистику. В том же году в Санкт-Петербурге начало работать первое еврейское высшее учебное заведение – Курсы востоковедения (Высшая школа еврейских знаний). В 1911 г. в Екатеринославе (ныне Днепр, Украина) был основан Еврейский горный институт.