В 1782 г. в Венеции было издано «Добротолюбие», в 1783 г. – «Книга душеполезнейшая о постоянном причащении Божественных Таин», «Евергетин» и «Катехизис» Московского митрополита Платона (Левшина) в переводе на греческий язык (относительно последней книги у исследователей есть сомнения, действительно ли речь идёт об издании, в подготовке которого принял деятельное участие Макарий Нотара). С. Пападопулос полагает, что в 1784 г. Макарий Нотара вновь посетил Афон, где встретился с преподобным Никодимом Святогорцем и продолжил труды по собиранию святоотеческих рукописей, намереваясь издать собрание творений преподобного Симеона Нового Богослова (частично в переводе на новогреческий язык, частично в оригинале). По мнению исследователей, переводом (как и редактурой сборника в целом) занимался преподобный Никодим Святогорец (однако известные исследователям на настоящее время источники ничего не сообщают об этом посещении Святой Горы). В 1783–1785 гг. предметом обсуждения на Афоне и за его пределами стала «Книга душеполезнейшая о постоянном причащении...», породившая немало споров. В апреле 1785 г. Синод Константинопольской православной церкви осудил эту книгу как «опасную» и «отреченную», но данное решение пересматривалось ещё несколько раз. С. Пападопулос считает, что именно эти споры побудили Макария Нотару покинуть Афон и окончательно поселиться на Хиосе, где местом его аскетических подвигов была избрана узкая пещера на высоте 35 м над храмом апостола Петра, рядом с которым раньше была устроена его первая келья. Однако в повествовании преподобного Афанасия Паросского нет описания подобного путешествия. Но Житие содержит рассказ о том, как к Макарию Нотаре отовсюду приходили нуждавшиеся в духовном совете, а также бедняки, просившие материальной помощи, которую Макарий Нотара неизменно им оказывал, хотя сам был вынужден время от времени отыскивать средства на благотворительность, обращаясь к богатым жертвователям из числа жителей Хиоса. Молва о щедром подвижнике распространилась повсюду, и к пустынной келье святого стало ежедневно приходить множество людей как из близлежащих селений, так и из дальних. В 1785 г. Макарий Нотара оказывал материальную помощь будущему деятелю греческого Просвещения Адамантиосу Кораису, который учился в Монпелье во Франции. По мнению исследователей, именно в тот период Макарий Нотара попытался достигнуть хоть какого-то уединения, устроив упомянутую выше пещерную келью. Но вскоре, утомлённый стечением народа и будучи не в состоянии отказать в помощи приходившим к нему, Макарий Нотара решил покинуть Хиос и найти себе пристанище в другом месте. Он отправился на Патмос, где провёл некоторое время.