В конце 1764 г. скончался престарелый архиепископ Парфений. Народ и клир Коринфа единодушно высказались за то, чтобы Михаил стал их новым пастырем. Этому выбору способствовала его многолетняя деятельность в качестве учителя. В сопровождении нескольких коринфских архонтов он, снабжённый рекомендательными письмами, отправился в Константинополь, где в январе 1765 г. был рукоположён патриархом Самуилом I Хандзерисом последовательно во все священные степени: во диакона, священника и архиерея – с наречением имени Макарий. Нового архиепископа приветствовал весь Коринф, было отслужено торжественное бдение. Макарий Нотара сразу же взялся за преобразования, призванные способствовать укреплению Коринфской церкви, которая тогда находилась в достаточно плачевном состоянии. Прежде всего, он обратил внимание на состав клира. Макарий Нотара запрещал в служении тех, кто занимались делами, чуждыми их сану (прежде всего, вовлечённых в политическую деятельность и участвовавших в разного рода тяжбах и т.п.), неграмотных священников и тех, кто по причине преклонного возраста не были в состоянии исполнять свои обязанности; прекратил практику рукоположений во священники кандидатов, не достигших канонического возраста. Тех, кто по формальным признакам соответствовали всем каноническим требованиям, однако были недостаточно обучены, Макарий Нотара допускал к рукоположению после соответствующей подготовки в монастырях Коринфской епархии. Получивших диаконский сан рукополагали во священники только после того, как они проводили некоторое время при архиепископе и, принимая участие в богослужениях и требах, на практике изучали чинопоследование таинств и проч. Макарий Нотара снабдил все селения своей епархии вместительными купелями, «дабы божественное крещение было совершенным, как учит Святая наша Апостольская Церковь». Всем священникам раздал катехизисы, чтобы они всегда имели возможность восполнить свои знания об истинах православной веры. Самым решительным образом пресёк практику рукоположения за деньги, лично вникал во все вопросы, не считая какого-либо из них не заслуживающим его внимания, и не оставлял без опеки ни одного прихода Коринфской епархии. Помимо мер, направленных на очищение и оздоровление клира, Макарий Нотара проявлял заботу о духовном образовании и обучении своей паствы, которую назидал лично, произнося проповеди, а кроме того, открыл в своей епархии училища, где должны были преподавать «грамоту общую и еллинскую», т.е. учить разговорному и классическому греческому языку. Исследователи полагают, что Макарий Нотара разработал программу преобразований, которую достаточно успешно осуществлял на протяжении нескольких лет. Однако с началом Русско-турецкой войны (1768–1774 гг.), когда греки Пелопоннеса предприняли попытку поднять восстание против османского владычества, жизнь Макария Нотары и его семьи резко изменилась. Современные греческие исследователи обычно описывают Макария Нотару как деятельного участника восстания. Согласно их версии событий (наиболее полно она изложена С. Пападопулосом), в 1767–1769 гг. Макарий Нотара принял участие в собеседованиях, на которых обсуждалась возможность восстания жителей Пелопоннеса против турок.