Знатный род Нотара был известен с XIV в. После падения Константинополя (1453 г.) его члены нашли прибежище на Пелопоннесе, где играли видную роль как в политической, так и в церковной жизни. Наиболее известными представителями рода были Лука Нотара, принявший мученическую кончину от рук турок в 1453 г., преподобный Герасим Кефалонийский (ум. в 1579 г.), Иерусалимский патриарх Досифей II Нотара (1669–1707 гг.), Иерусалимский патриарх Хрисанф Нотара (1707–1731 гг.), Коринфский митрополит Григорий Нотара (1684–1715 гг.), а также ряд героев Греческой национально-освободительной революции 1821–1829 гг. Отцом Макария Нотары (в миру Михаил) был Георгантас (Георгий) Нотара, один из богатейших представителей коринфской аристократии, мать звали Анастасия, будущий святитель был младшим ребёнком в семье. Восприемником при крещении Михаила стал Коринфский архиепископ Парфений (в чём составитель Жития святого видит пророчество о будущем архиерействе Макария Нотары, который впоследствии станет преемником архиепископа Парфения на Коринфской кафедре). Начальное образование Михаил получил в Трикале и Коринфе, а затем на острове Кефалиния у известного дидаскала Евстафия. Пребывание на Кефалинии, по мнению С. Пападопулоса, укрепило интерес Михаила к духовной жизни и чтению душеполезных книг, также он имел возможность часто бывать у мощей своего родственника преподобного Герасима Кефалинийского (учитель Михаила Евстафий был хранителем мощей). На то, что семья Нотара не была чужда православной аскетической традиции, указывает тот факт, что сестра Михаила в те годы приняла монашеский постриг. С юных лет Михаил выказывал особое расположение к духовной жизни; политика и разного рода мирские дела нисколько не привлекали его. В 1747 г., окончив обучение на Кефалинии, он вернулся на родину. Поскольку Георгантас (Георгий) Нотара счёл, что его сын уже достиг соответствующего возраста, он назначил его управляющим частью своих земельных владений, однако вскоре выяснилось, что сын совершенно не подходит для такого рода деятельности. Как пишет его биограф, он не только не собрал денег, но и потратил то, что имел, помогая нуждавшимся. Отец, осыпав сына оскорблениями, был вынужден лишить его должности. В 1748 г., ощутив призвание к монашеской жизни, Михаил тайно бежал из дома в монастырь Мегалу-Спилеу, где просил настоятеля и братию принять его. Однако монахи обители побоялись сделать это без разрешения столь влиятельного человека, каковым был Георгантас Нотара. Через некоторое время он узнал о местонахождении сына. Получив от Георгантаса письмо, монахи отослали юношу домой. Возвратившись в Коринф, Михаил взялся за усердное изучение Священного Писания, богослужебных книг, творений святых отцов и других душеполезных сочинений. Именно в эту пору он познакомился с собранием изречений древних наставников монашества «Евергетин». Исследователи полагают, что тогда же он начал делать выписки из святоотеческих творений, что положило начало собиранию текстов, которым Макарий Нотара занимался до конца своей жизни. Видя, что коринфская молодёжь из-за недостатка учителей не могла получить хорошее образование, он в 1752–1764 гг. бесплатно обучал желающих, не переставая при этом искать подходящих наставников для коринфской школы.