В 1778 г. Макарий Нотара вновь оказался на Хиосе, который, как полагают исследователи, решил избрать в качестве постоянного места жительства. Близ Врондадоса, на северо-восточной склоне горы Эпос, Макарий Нотара нашёл и обустроил кафизму апостола Петра, которую приобрел в собственность у общины Хиоса. Поселившись там как пустынножитель, принял в послушники пожилого монаха Иакова. В это же время Макарий Нотара часть средств, собранных жителями Хиоса и Смирны, выделил иеромонаху Нифонту на строительство монастыря Благовещения Пресвятой Богородицы на острове Икария. В 1779 г. посетил монастырь иеромонаха Нифонта и, пробыв там, как сообщается в Житии, «довольно времени», возвратился на Хиос. В пустынном уединении Макарий Нотара подвизался в умной молитве, а в городских храмах иногда произносил проповеди. Многие хиосские христиане приходили к нему за советом и получали утешение. Кроме того, Макарий Нотара оказывал материальную поддержку многим нищим и нуждавшимся. Преподобный Афанасий Паросский сообщает, что Макарий Нотара в своём подвижническом уединении на Хиосе держал довольно строгий пост: в течение всей седмицы не употреблял елея и вина, пищей ему служили тыква с уксусом и варёные макароны. «В субботу же и воскресенье он, лучше сказать, нюхал елей, а не вкушал, а вино (мы сами видели) он так портил водой, что поистине, качества вина [в том питье] не оставалось вовсе». Послушник и спостник Макария Нотары старец Иаков рассказывал, что все большие посты церковного года его наставник соблюдал со всей возможной строгостью, в соответствии с уставом церкви. В келье, по его словам, Макарий Нотара подвизался «превыше естества», пребывая в постоянной молитве и совершая бесчисленные коленопреклонения. Макарий Нотара нередко читал псалмы и другие тексты Священного Писания за богослужением в церквах острова Хиос. Его чтение было «спокойным, безмятежным, умиротворённым…, поистине духовным»; как пишет автор его Жития, у присутствовавших не возникало сомнений, что подобная молитва достигает Господа.