В 1770 г. Макарию Нотаре удалось убедить своего отца и других представителей рода Нотара, которые испытывали определённые колебания и страх, «поднять знамя восстания» в Трикале. Но восставшие вскоре потерпели поражение, и турки обрушились с репрессиями на жителей региона, прежде всего, на архонтов Коринфа. Макарий Нотара и его родственники были вынуждены бежать на остров Закинф, причём по дороге на них напали разбойники, которые лишили их одежды, имущества и вьючных животных (жители Закинфа снабдили беглецов всем необходимым). Однако преподобный Афанасий Паросский связывает бегство Макария Нотары и его семьи из Коринфа с боязнью преследований со стороны османских властей, которые, по их мнению, были неминуемы, несмотря на то, что те не принимали участия в восстании, а, напротив, принадлежали к «смышлёным и разумным», которые предвидели плачевный исход этого предприятия. Преподобный Афанасий Паросский настаивает на том, что в отличие от других пелопоннесских архиереев Макарий Нотара не выступал против османской власти и не переходил на сторону русских. Именно поэтому в дальнейшем он не отплыл с Пелопоннеса на кораблях русского флота вместе с другими восставшими, а всё время оставался относительно близко к Коринфу – на Закинфе, а потом и на острове Идра. Упорное нежелание Макария Нотары в дальнейшем признать себя совершившим какие-либо преступления против османской власти как будто подтверждает версию преподобного Афанасия Паросского. Но сведения источников не полные и не дают исследователям возможности сделать окончательные выводы о характере участия Макария Нотары в событиях Русско-турецкой войны и Пелопоннесского восстания. На Закинфе Макарий Нотара пробыл три года (1770–1773 гг.) почти безвыездно (если не считать краткого посещения Кефалинии с целью поклониться мощам преподобного Герасима). Здесь он посвятил себя пастырской деятельности: совершал богослужения, наставлял народ и в скором времени стал весьма уважаемым на острове. После заключения Кючюк-Кайнарджийского мирного договора между Россией и Османской империей (10 июля 1774 г.) смута на Пелопоннесе затихла, однако ещё раньше Константинопольский патриарх Феодосий II (1769–1773 гг.) под давлением турецких властей сместил всех архиереев, принимавших участие в восстании, с их кафедр и назначил новых. В Коринф также был направлен новый архиепископ, и от Макария Нотары потребовали отказаться от кафедры. Святитель обещал не требовать восстановления на кафедре и не чинить никаких препятствий своему преемнику, но подписывать отречение от архиепископства не пожелал, полагая, что это будет означать добровольный отказ от архиерейства и, как следствие, от священнослужения. Не считая себя в чём-либо виновным, Макарий Нотара в дальнейшем не раз подтверждал эту позицию. Свои письма он подписывал не «бывший [архиепископ] Коринфский», а «[архиепископ] из Коринфа». В 1773–1774 гг. Макарий Нотара жил на острове Идра. Местом его пребывания стал монастырь Пресвятой Богородицы. На Идре Макарий Нотара впервые познакомился с колливадами, вынужденными покинуть Афон в результате гонений, в частности, со знаменитым Сильвестром Кесарийским. Там его посетил житель острова Наксос, Николай Калливурцис, впоследствии ставший известным как преподобный Никодим Святогорец. Макарий Нотара обратил внимание на необычайно одарённого и образованного юношу и с тех пор не упускал его из виду.