Наиболее известными исследователям из соратников Макария Нотары во время его пребывания на Хиосе были преподобный Афанасий Паросский, преподобный Никифор Хиосский, Нил Калогномос, Иосиф Фурноаграфиот, Мелетий Хиосский и др. В 1804 г. главный труд Макария Нотары («Новый Лимонарь» – собрание Житий святых, в том числе новомучеников, и служб в их честь) был уже близок к завершению. По свидетельству преподобного Афанасия Паросского, Макарий Нотара сам переписывал тексты и некоторые из них перекладывал на простое греческое наречие. Когда он закончил работу над книгой и думал о том, чтобы опубликовать её типографским способом, в начале сентября 1804 г. с ним случился апоплексический удар, в результате Макарий Нотара оказался парализованным на всю правую сторону тела. Он не мог двигаться и писать (по словам преподобного Афанасия Паросского, «добрая и благодетельная его рука с тех пор оставалась бездейственной», а издание книги «Новый Лимонарь» неосуществлённым), но был в состоянии говорить. Макарий Нотара с терпением нёс тяготы болезни, проливал непрестанные слёзы и говорил, что Бог таким образом наказал его за грехи. Преподобный Афанасий Паросский сообщал, что слышал, находясь у одра святого, как тот повторял: «Не каюсь я», – на что Афанасий Паросский заметил: «О, отче и владыко, вся твоя жизнь была покаянием; заповеди Господни ты сохранил от юности твоей самым тщательным образом, и в чём тебе каяться? Хорошо, ты говоришь, что не каешься, конечно, ты не каешься, потому что тебя не обличает совесть твоя как преступника божественных заповедей». В ответ Макарий Нотара «пролил потоки слёз». Во время болезни Макария Нотары «множество христиан каждый день стекалось (к келье святого), мужчины и женщины, как знакомые и друзья, так и всякие неизвестные, чтобы получить святые его молитвы и благословения». Макарий Нотара упражнялся в памятовании «о смерти и о том, что после смерти», часто исповедовался и причащался Святых Таин сначала через день, затем каждый день. При нём почти постоянно находились его соратники Нил Калогномос и Никифор Хиосский, с которыми святитель «любомудрствовал о таинственном и духовном», поскольку до последнего вздоха сохранял здравый ум. Макарий Нотара был погребён близ церкви апостола Петра, с южной стороны. По свидетельству преподобного Афанасия Паросского, он предвидел свою кончину и место погребения. Когда за два года до этих событий тяжело заболел послушник Макария Нотары – Иаков и казалось, «что он уже при последнем издыхании», присутствовавшие там спросили святителя, где он повелит вырыть могилу для Иакова, на что тот ответил: «Да не будет, нет, да не будет, сначала мне могилу выройте, а потом ему». И действительно, старец Иаков умер после обретения мощей Макария Нотары и был погребён в той же могиле.