Первое посмертное чудо произошло ещё в день погребения святителя, когда у четырёхлетней девочки мгновенно затянулись долгое время мучившие её неисцелимые язвы на руке, после того как её перекрестили скуфьей Макария Нотару. Хирург, обследовавший девочку после исцеления, был в изумлении и воскликнул: «Непостижимо! Они все закрылись!». Записи о первых чудесах Макария Нотары скрупулёзно собраны преподобным Афанасием Паросским и приводятся сразу после основного текста Жития святителя. Преподобный Афанасий Паросский был очевидцем ряда описанных им случаев, другие чудеса пересказал со слов непосредственных участников событий, непременно приводя названия селений и имена тех, кто сподобились чудесной помощи Макария Нотары или стали свидетелями чудес. Макария Нотару стали почитать святым вскоре после смерти без официальной канонизации. Частицы его мощей, которым, по свидетельствам очевидцев их обретения в 1808 г., Господь даровал благодать «источать святое благоухание и совершать многочисленные чудеса», в настоящее время находятся на Хиосе, на Икарии и в Коринфе; гробница Макария Нотары на Хиосе сохранилась и является объектом почитания. Первые посвящённые Макарию Нотаре храмы были построены монахом Констанцием из Фессалии в 1815 г. в селе Элата на Хиосе и около 1820 г. в селе Мили на Самосе.