Делом всей жизни Макария Нотары стали составление и подготовка к изданию «Нового Лимонаря». Тем не менее, об авторстве Макария Нотары применительно к этой книге исследователи говорят лишь с изрядной долей условности, т.к. над ней трудились и другие выдающиеся деятели греческого духовного просвещения, такие как преподобные Никодим Святогорец, Никифор Хиосский и Афанасий Паросский, и она включает сочинения различных авторов. Об этом свидетельствует и титульный лист первого издания книги, где, несмотря на то, что составителем однозначно назван Макарий Нотара, ясно указан вклад каждого из работавших над сборником: «Новый Лимонарь, содержащий мученичества древние и новые и жития преподобных, которые были собраны приснопамятным митрополитом, святым Коринфским [т.е. архиепископом Коринфа], господином Макарием Нотарой, к которым приложены и синаксари Триоди и Пентикостариона, переведенные премудроученейшим учителем господином Афанасием Паросским, и к тому же песненные последования различным новомученикам, трудолюбиво составленные всепреподобноученейшим господином Никифором Хиосским». Первое издание увидело свет в 1819 г. в Венеции в типографии Паноса Феодосиу из Янины. В 1855–1857 гг. в Эрмуполисе (остров Сирос) было предпринято издание одноимённой книги в трёх томах, в которой, однако, полностью изменена композиция издания 1819 г., и есть немало произвольных добавлений и сокращений, в связи с чем его обычно не рассматривают как второе издание «Нового Лимонаря». Вторым исследователи называют афинское издание 1873 г., которое представляет собой перепечатку издания 1819 г., произведённую без существенных изменений. Иногда третьим и четвёртым изданиями «Нового Лимонаря» считают первое и второе издания «Нового Хиосского Лимонаря», что исследователям не представляется корректным. Во вводной части «Нового Лимонаря» содержится написанная рифмованным пятнадцатисложником эпиграмма «На божественного Макария, бывшего архиепископа Коринфского, именуемого Нотара» (творение преподобного Никифора).