В 1593 г. над западными вратами Московского Симонова монастыря была возведена церковь во имя Всемилостивого Спаса (в честь Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня). Дата была отмечена в надписи на антиминсе, и подтверждением её служат архитектурные особенности памятника. К 1621 г. Фёдор Иванович Мстиславский устроил в монастыре престол в честь иконы Божьей Матери «Одигитрия». В первой половине XVII в. на средства князя Юрия Яншевича Сулешева было выстроено каменное здание церкви в честь иконы Божьей Матери «Знамение», которая раньше была придельной (Российский государственный архив древних актов). К середине XVII в. в монастыре были следующие храмы и престолы: соборный Успенский храм, в подклете которого находился Одигитриевский придел, Знаменский храм, Сергиевская церковь в трапезной палате, Преображенский храм, церковь Происхождения Честных Древ над вратами. Престолы во имя архангела Михаила, Николая Чудотворца и преподобного Василия Парийского, зафиксированные в документе 1543 г., за сто лет, очевидно, были упразднены. В 1640 гг. в монастыре была возведена мощная крепостная ограда (частично сохранилась). Исследователи полагают, что к её строительству был привлечён зодчий Антип Константинов. Запись его рода в монастырском синодике (Исторический музей) при отсутствии источников, свидетельствующих о нём как о вкладчике, даёт основание исследователям объяснять его связь с монастырём профессиональной деятельностью. В 1677 г. состоялось освящение новопостроенной Знаменской церкви на восточных вратах, сопровождавшееся, как полагают исследователи, упразднением имевшегося здания одноимённой церкви и переносом престола. В 1680 г. началось строительство трапезной с Сергиевской церковью на новом месте. Работы завершились около 1683 – 1686 гг. В них принимал участие Парфен Петров, а в качестве эксперта выступал Осип Дмитриевич Старцев (здание сохранилось). В 1683–1684 гг. возводились больничные кельи (Российский государственный архив древних актов). В 1680 гг. была предпринята попытка устройства напорного водопровода; тогда же выстроено трёхэтажное здание у южной ограды (сохранилось), условно названное сушилом. Под 30 октября 1710 г. упомянута больничная церковь во имя преподобных Ксенофонта и Марии, созданная одновременно с возведением больничных келий или вскоре после этого. Согласно ведомости 1732 г., в Московском Симоновом монастыре были Успенский собор, Знаменская и Сергиевская церкви, храм Происхождения Честных Древ и церковь во имя преподобных Ксенофонта и Марии и чад их Аркадия и Иоанна. Таким образом, в середине XVII – первой трети XVIII вв. были упразднены престолы Преображенский и Одигитриевский.