Отношения Михаила с митрополитом Ипатием Потеем были враждебными. Впрочем, Ипатий Потей считал Перемышльского владыку более «податливым» к унии, чем Гедеона (Балабана). В письме провинциалу доминиканцев от 14 января 1601 г. Ипатий Потей намекнул на то, что Михаил под влиянием перемышльского старосты начал склоняться к унии. После смерти Гедеона (Балабана) в 1607 г. Михаил некоторое время оставался единственным православным епископом Западнорусской митрополии. 1 марта 1607 г. князь К.К. Острожский просил Михаила, чтобы он повлиял на Львовское братство, члены которого не хотели признавать уневского архимандрита Исаию (племянника Гедеона (Балабана)) наречённым Львовским епископом. Очевидно, Михаилу не удалось убедить львовян, т.к. братство добилось номинации своего ставленника – Евстафия Тиссаровского. Исследователям известно о контактах Перемышльского епископа с Россией. В Описи архива Посольского приказа 1626 г. (М., 1977 г., часть 1) упоминается грамота Михаила 1603 г. «о семиградском архимарите о милостыне». В записях о Смутном времени Станислава Немоевского сообщается, что падению Лжедмитрия I способствовало обращение Гедеона (Балабана) и Михаила к населению Москвы с разоблачением связанных с самозванцем планов обращения России в католицизм. В письме к рокошанам 1606 г. Михаил жаловался на немощь, которая не давала ему возможности полностью отдаться делу защиты церкви и верующих. Через три года епископ умер. В связи с тем, что хиротония его преемника – униата Афанасия (Крупецкого) – состоялась в июне 1610 г., многие исследователи ошибочно полагают, что Михаил умер незадолго до этого, однако королевская номинационная грамота Афанасию (Крупецкому) в епископы была дана 15 сентября 1609 г. Свидетельство о кончине Михаила есть в письме Ипатия Потея Льву Сапеге 1609 г.: «Как только я узнал о его смерти, будучи в Варшаве, немедленно отправился до господина Калинского, перемышльского старосты..., и просил внимательно следить за этим делом, чтобы... не допустил на Перемышльскую кафедру схизматика». В письмах нунция Франческо Симонетты кардиналу Шипионе Боргезе от 30 мая и 3 августа 1609 г. тоже обсуждался вопрос о замещении вакантной после смерти Михаила Перемышльской кафедры. Более точные сведения о кончине и погребении Михаила содержатся в уже упоминавшемся посвящении Павмы Берынды Ф. Копыстенскому. В части произведения, прославляющей Михаила, сказано: «Даровал му теж Б[ог] й то, же на столици своей… й памяти годно живота й бегу своего докончил. Припомяну ще й то, що знамените святобливость живота его й веры певность показует й осведчает, же гды пред постом Великим з тымся светом розстал, тело его през пост аж до н[е]д[е]ли Светлои (сиреч Въскр[есе]ниа Г[оспод]ня)… цело й ненарушне превбывло, аж до часу погребения, которого часу все елемента звыклися рушати й отменати, а тело того бл[а]ж[еннаго] еп[иско]па, яко православное веры вызнавци, й за бл[а]г[о]ч[ес]тïе трудившагося, цело й ненарушно з добрым запахом пребыло, што часу погребу всем там правоверным яко й многих стано[в] людем было в подивеню».