Таким образом, Михаил умер в 1609 г., перед Великим постом, который начался 5 марта. Был похоронен после Пасхи, т.е. после 16 апреля, в Копыстно. В 1920–1930 гг. ещё были заметны следы его могилы за селом, напротив церкви; на могиле стоял крест (Центральный государственный исторический архив в Ленинграде). О могиле Михаила помнили и после Второй мировой войны: на холме Горниско, в 200 м к западу от места двора Копыстенских, стоял металлический крест на каменном цоколе. Оценки деятельности Михаила имеют истоки в полемических произведениях конца XVI – начала XVII вв. Православные авторы умалчивали о его «походе» в унию. Это характерно, прежде всего, для Иоанна (Вишенского), земляка Михаила, острое перо которого не пощадило практически ни одного современного ему западнорусского иерарха. В сочинении «Зачапка мудраго латинника с глупым русином» (около 1608 – 1609 гг.) полемист высоко оценил деятельность Михаила. В своём последнем произведении «Позорище мысленное» (1615/1616 г.) Иоанн (Вишенский) восхваляет Перемышльскую епархию, которая в отличие от других твёрдо стояла в православии. Иоанн (Вишенский) завещал оригиналы своих произведений и даже собственное тело после смерти перемышльской церкви. Униатские и католические авторы осуждали Михаила. Ипатий Потей в «Антиризисе» представил Михаила и Гедеона (Балабана) отщепенцами, которые не только отказались от соглашения об унии, но и отреклись от Божьей (т.е. Римской) церкви и вступили в союз с еретиками, следовательно, по мнению Ипатия Потея, по праву они были прокляты на униатском Брестском Соборе. Пётр Скарга также обвинял Михаила в измене. Утверждая правомочность униатского Собора, он писал: «Хтож им тот Собор зложил? Никифор, чили Балабан, чили Копыстенский? Ни один с тых. Зложил собор митрополит, по дозволением короля его милости». Полярность суждений о Михаиле оказала влияние на дальнейшую историографию, которая отличалась конфессиональными пристрастиями.