В 1592 г. при помощи Тырновского митрополита Дионисия Ралли-Палеолога епископ Гедеон (Балабан) изготовил две фальшивые грамоты, будто бы написанные Константинопольским патриархом. В грамотах осуждалась деятельность Львовского Успенского братства и Киевского митрополита Михаила (Рагозы), который обвинялся, в частности, в том, что он поставил Михаила «без пришествия и совету инших епископов» и вопреки воле патриарха («лист» с «отлучением» Михаила (1592 г.)). От этих обвинений Михаил оправдывался в письме Львовскому братству от 22 декабря 1592 г. Михаил имел в виду Гедеона (Балабана), когда упоминал «дивныя, и неподобныя, и неслушныя речи, от людей злых так на мене, яко и на его милость митрополита, пастыря нашего, змышленныя», писал о том, что действия епископа Гедеона (Балабана) наносят ущерб церковной жизни. Михаил, как и его предшественники начиная с XV в., имел титул «епископ Перемышльский и Самборский». Территория Перемышльской епархии, одной из древнейших и крупнейших в Киевской митрополии, в конце XVI в. совпадала с Перемышльской и Санокской землями Русского воеводства Речи Посполитой, а также включала разрозненные западные части Львовской земли, в том числе город Городок. В епархию входили небольшие части Любачевского повета Белзского воеводства, Сондецкий и Бецкий поветы Краковского воеводства, юго-восточной земли Сандомирского воеводства. Почти совпадала с её пределами одноимённая римско-католическая епархия. Количество приходов и число православных в Перемышльской епархии в указанное время были значительными. М. Бендза насчитал на Перемышльской и Санокской землях 607 православных приходов и 234 620 верующих. Периферийность епархии (крайняя западная часть Киевской митрополии) обусловила слабую её связь с митрополичьей кафедрой. Киевские митрополиты в XV–XVI вв. ни разу не посетили Перемышльскую епархию. Вступив на кафедру, Михаил приложил усилия к укреплению церковной жизни и защите владений кафедры. Состав имений Перемышльского и Самборского епископа определяется по более поздним источникам. В 1628 г. епархия владела сёлами: Владыче (ныне в черте Пшемысля), Смильница, Лавров, Спас, Страшевичи, Бусовиско, Микулинцы, Подзамче, Вильче и др.; земельными участками в Луках, Созани, Ниновичах, Шегинях, Хрушовице, Витошиньце под Перемышлем, вместе с резиденцией епископа в Валяве это составляло 11 сёл и шесть земельных участков. Владения римско-католической Перемышльской кафедры были намного обширнее: город Радымно, сёла Сполошев, Пникут (ныне Мостисского района Львовской области), а также пять сельских наделов; на территории епархии были, кроме того, имения холмского капитула, отдельные сёла принадлежали приходам, крупными были владения католических монастырей. Михаил боролся за ограничение светского патроната над приходами. Об этом свидетельствуют судебные процессы епископа с местной шляхтой. В 1591–1592 гг. он судился с Берестянскими за село Валява, а также с мещанами Перемышля за «Пижевский» дом и Михайловскую загороду (суды окончились 14 апреля 1595 г. победой епископа).